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Yorodumi- PDB-4q70: Light Harvesting Protein Phycocyanin in high resolution using a f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4q70 | ||||||
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Title | Light Harvesting Protein Phycocyanin in high resolution using a femtosecond X-Ray laser | ||||||
Components |
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Keywords | PHOTOSYNTHESIS / Femtosecond Crystallography Phycocyanin Photosynthesis / Phycobilisome | ||||||
Function / homology | Function and homology information phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermosynechococcus elongatus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / FREE ELECTRON LASER / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Fromme, R. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Yoon, C. / Fromme, P. | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Observations on the Light Harvesting Protein Phycocyanin structure in high resolution using a femtosecond X-Ray laser Authors: Fromme, R. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Yoon, C. / Brune, D. / Fromme, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4q70.cif.gz | 193.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4q70.ent.gz | 167.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4q70.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4q70_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4q70_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 4q70_validation.xml.gz | 10.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4q70_validation.cif.gz | 14.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q70 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
| x 6|||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17456.631 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermosynechococcus elongatus (bacteria) / Strain: BP-1 / References: UniProt: P50032 | ||
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#2: Protein | Mass: 18216.652 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermosynechococcus elongatus (bacteria) / Strain: BP-1 / References: UniProt: P50033 | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 14187 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: batch / pH: 7 Details: 10-18 % PEG 3350, 10-100 mM NaCl, 0-100 mM MgCl2, pH 7.0, Batch, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 283 K |
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Diffraction source | Source: FREE ELECTRON LASER / Site: SLAC LCLS / Beamline: CXI / Wavelength: 1.34 Å |
Detector | Type: Cornell-SLAC Pixel Array Detector (CSPAD) / Detector: PIXEL / Date: Jan 25, 2014 |
Radiation | Monochromator: None / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.34 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→36.436 Å / Num. all: 37798 / Num. obs: 37798 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.37 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→36.436 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.37 / Phase error: 31.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.71 Å2 / Biso mean: 29.0429 Å2 / Biso min: 3.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→36.436 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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