PDB-4q1w: Mutations Outside the Active Site of HIV-1 Protease Alter Enzyme ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q1w

タイトル

Mutations Outside the Active Site of HIV-1 Protease Alter Enzyme Structure and Dynamic Ensemble of the Active Site to Confer Drug Resistance

要素

ASPARTYL PROTEASE

アスパラギン酸プロテアーゼ

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor /

HIV-1 protease /

AIDS (後天性免疫不全症候群) /

inhibitor complex (酵素阻害剤) /

Aspartyl protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain /

Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral /

Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Ragland, D.A. / Nalam, M.N.L. / Cao, H. / Nalivaika, E.A. / Cai, Y. / Kurt-Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Drug resistance conferred by mutations outside the active site through alterations in the dynamic and structural ensemble of HIV-1 protease.
著者: Ragland, D.A. / Nalivaika, E.A. / Nalam, M.N. / Prachanronarong, K.L. / Cao, H. / Bandaranayake, R.M. / Cai, Y. / Kurt-Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2014年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q1w.cif.gz	93.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q1w.ent.gz	73.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/4q1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/4q1w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4q1xC 4q1yC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (13)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (13)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (12)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ASPARTYL PROTEASE

B: ASPARTYL PROTEASE

ヘテロ分子

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.741, 57.550, 61.809
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ASPARTYL PROTEASE / アスパラギン酸プロテアーゼ / Pol protein 分子量: 10833.828 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-99 / 変異: Q7K, L90M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HIV-1 M:B_HXB2R / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tap56 参照: UniProt: V5Y949, UniProt: P04585*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月18日 / 詳細: OSMIC Mirrors
放射	モノクロメーター: OSMIC Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→39.22 Å / Num. all: 15822 / Num. obs: 15822 / % possible obs: 98.59 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.3 % / Num. unique all: 1503 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→39.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 5.044 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20634	787	5 %	RANDOM
R_work	0.17288	-	-	-
obs	0.17454	14998	98.59 %	-
all	-	16011	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.705 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1490	0	62	109	1661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.342	2.021	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.933	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.972	25.088	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.493	15	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.97	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.159	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.169	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.055	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.582	1.5	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.152	1.5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.838	2	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.32	3	657
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.004	4.5	576

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	51	-
R_work	0.184	1044	-
obs	-	1044	94.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3722	-1.0815	-0.4787	4.1459	1.0402	2.2157	-0.2006	-0.3999	0.0155	0.3783	0.1679	0.1832	-0.0472	0.15	0.0327	-0.0129	0.0301	0.0167	-0.0262	0.0092	-0.1429	20.7188	25.4461	29.4744
2	5.2919	-2.4599	0.6109	2.7426	0.7214	3.6506	-0.103	-0.0152	-0.4065	0.1202	0.1297	0.2701	0.3173	0.0699	-0.0268	-0.0128	-0.0007	0.0458	-0.1086	0.0318	-0.047	19.7637	17.2686	23.0695
3	2.4171	0.4285	-0.1669	1.9363	-0.1629	2.0885	-0.0501	0.0007	-0.0315	0.0207	-0.0089	-0.0307	-0.0369	0.0456	0.059	-0.0414	0.0113	-0.0013	-0.0669	-0.001	-0.0693	27.6708	28.2698	18.9417
4	5.9509	-0.389	-0.3395	4.2387	-1.7157	1.0464	0.1056	0.0071	-0.1636	-0.061	-0.07	0.0891	0.0464	-0.0445	-0.0356	-0.0378	0.0125	0.0103	-0.0669	0.0017	-0.0641	12.3825	26.5741	18.56
5	13.5911	1.2647	-3.5219	8.9644	2.3907	7.2965	0.0913	-0.587	-0.268	0.0846	-0.0314	-0.7858	0.0651	0.5775	-0.0598	-0.0801	-0.0247	-0.0753	-0.0741	0.0709	0.0404	39.6165	30.322	24.0959
6	32.6903	-14.8526	-3.5375	13.1796	2.2798	6.6894	0.065	0.5298	-1.1902	-0.0515	-0.1313	0.8499	-0.0241	-0.8041	0.0663	-0.0687	-0.0298	0.0091	0.0116	-0.0049	0.0364	0.8876	21.2927	18.0349
7	10.1582	1.4045	1.7756	5.7027	3.9746	6.0013	0.019	-0.0565	0.2499	-0.0389	0.2568	-0.2932	-0.2024	0.6053	-0.2758	-0.0834	-0.0272	-0.002	-0.0967	0.0671	-0.0517	39.7184	31.2586	10.3716
8	6.3087	1.471	0.3836	8.3306	3.9036	5.7555	0.2715	0.1723	0.0556	-0.1895	-0.2353	0.4516	0.0363	-0.616	-0.0362	-0.1188	-0.005	0.0109	0.0333	0.0702	-0.0725	0.4614	34.0868	13.2556
9	8.1963	-1.803	0.5509	1.3489	0.2043	1.9517	-0.002	0.242	-0.1708	-0.1535	-0.0338	0.0137	-0.0402	0.0298	0.0358	-0.0223	0.0172	-0.006	-0.0685	0.0009	-0.0804	27.6389	30.6906	4.3058
10	13.2826	-2.2929	-2.954	1.828	-1.1023	2.4719	0.1942	0.1491	0.1205	-0.0023	-0.0199	0.1745	-0.0819	0.0572	-0.1743	-0.0374	-0.0019	-0.0081	-0.0638	-0.0031	-0.0236	12.5155	39.2503	11.54
11	3.6042	2.3484	-3.4656	4.8141	-1.9512	3.3611	-0.1018	0.2435	0.1996	-0.0053	0.0765	0.4031	-0.0894	-0.0776	0.0253	-0.0403	-0.0057	-0.0409	-0.0507	0.0084	-0.0339	29.0001	33.1988	14.4632
12	6.2695	-3.2592	6.9145	6.1252	-4.1647	7.6991	0.1935	0.3211	-0.0364	-0.3202	-0.0061	0.0982	0.2927	0.3057	-0.1874	-0.038	0.009	-0.0082	-0.0459	0.0079	-0.0541	10.4554	29.1304	12.0717
13	1.6894	-0.2904	0.2449	2.4611	-1.9754	2.9623	-0.0767	-0.0737	0.0257	0.0139	-0.1661	-0.055	0.044	-0.071	0.2428	-0.0396	0.0155	0.0011	-0.0703	-0.0006	-0.0113	28.6269	19.2885	19.5276
14	3.5804	-0.8934	0.3528	4.8158	-1.2476	1.9392	-0.1282	-0.0985	0.0215	0.1263	0.2138	0.0291	-0.0427	-0.0552	-0.0856	-0.0371	0.0457	0.0369	0.02	0.0124	-0.0798	11.693	28.5421	27.1269
15	1.8452	-2.5727	1.9118	12.0165	-14.0483	20.8426	0.1741	0.2646	-0.4473	-0.8484	-0.8161	-0.5781	0.5497	0.6348	0.642	-0.1265	0.0343	0.0583	-0.0242	0.0386	0.0122	38.8768	23.0162	10.4479
16	11.1296	8.9513	-11.559	8.9761	-11.8595	15.7016	0.5186	-0.3641	0.5452	0.5865	-0.1851	0.521	-0.5465	0.3278	-0.3335	-0.0533	0.0663	0.0252	-0.1012	0.0233	0.0611	1.688	36.3913	21.175
17	14.6385	-0.6011	-4.192	12.1052	0.9505	18.9717	-0.0428	-0.0833	0.4055	0.6824	0.0359	-0.5929	-0.233	0.2592	0.007	-0.097	-0.0324	-0.1148	-0.1309	0.0184	-0.0001	37.4971	23.965	24.4878
18	21.4657	-21.2869	-2.0978	27.242	-3.1883	4.7315	0.3452	0.589	-0.4704	-0.6959	-0.6584	0.5224	0.5793	0.0007	0.3131	-0.0106	0.0242	-0.0016	0.026	0.044	0.0176	2.5734	22.7667	24.3114
19	0.3488	-0.4373	1.9106	3.7034	-2.3644	10.4673	-0.0309	-0.0231	-0.074	-0.0635	-0.0726	-0.1302	0.1474	0.0341	0.1035	-0.0819	-0.0068	0.0148	-0.0612	0.0306	0.0175	35.6906	21.6463	18.4198
20	3.1226	2.8194	-6.1096	10.3331	-5.1232	11.9738	-0.0539	0.0165	0.066	0.3215	0.1756	0.3276	-0.0155	-0.0343	-0.1217	-0.1327	0.0161	-0.0259	-0.056	0.034	0.0077	3.9474	28.2851	25.4335

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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