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Yorodumi- PDB-3sa3: Crystal structure of wild-type HIV-1 protease in complex with AG23 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sa3 | ||||||
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Title | Crystal structure of wild-type HIV-1 protease in complex with AG23 | ||||||
Components | Protease | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / protease inhibitors / AIDS / aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance Authors: Altman, M.D. / Nalam, M.N.L. / Ali, A. / Cao, H. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A. / Tidor, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sa3.cif.gz | 95.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sa3.ent.gz | 74.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sa3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/3sa3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/3sa3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3sa4C 3sa5C 3sa6C 3sa7C 3sa8C 3sa9C 3saaC 3sabC 3sacC 1f7aS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10815.790 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Q7K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Strain: HXB2 / Gene: gag-pol, pol / Plasmid: pXC35 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TAP106 / References: UniProt: O38732 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Chemical | ChemComp-23X / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: hanging drop, vapor diffusion / pH: 6.2 Details: 24-29% ammonium sulfate, 63 mM sodium citrate, 126 mM phosphate buffer, pH 6.2, HANGING DROP, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 20, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 21177 / % possible obs: 96.5 % / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 13.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1F7A Resolution: 1.65→41.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.2175 / WRfactor Rwork: 0.1885 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8773 / SU B: 3.836 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.1059 / SU Rfree: 0.1011 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.101 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 59.08 Å2 / Biso mean: 25.181 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→41.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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