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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q0p | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Acinetobacter sp. DL28 L-ribose isomerase in complex with L-ribose | |||||||||
要素 | L-Ribose isomerase | |||||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Cupin barrel / Sugar binding (砂糖) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter (アシネトバクター) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Teraoka, M. / Izumori, K. / Kamitori, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2014 タイトル: X-ray structure of a novel L-ribose isomerase acting on a non-natural sugar L-ribose as its ideal substrate. 著者: Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Teraoka, M. / Terami, Y. / Takata, G. / Izumori, K. / Kamitori, S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: Overexpression, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of L-ribose isomerase from Acinetobacter sp. strain DL-28 著者: Yoshida, H. / Teraoka, M. / Yoshihara, A. / Izumori, K. / Kamitori, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4q0p.cif.gz | 67.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4q0p.ent.gz | 48.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4q0p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/4q0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/4q0p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 28751.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter (アシネトバクター) 株: DL-28 / 遺伝子: L-RI / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: Q93UQ5, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換 |
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-糖 , 2種, 4分子
#3: 糖 | #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 145分子
#2: 化合物 | ChemComp-CO / |
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#5: 化合物 | ChemComp-NCO / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10-16%(v/v) PEG400, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES, 0.02M Hexaammine cobalt(III) chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月8日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→20.5 Å / Num. all: 23208 / Num. obs: 23208 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2294 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: The structure model of selenomethione derivative solved by MAD 解像度: 1.93→20.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 6974531.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.9429 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→20.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.93→2 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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