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- PDB-4q0u: Crystal structure of Acinetobacter sp. DL28 L-ribose isomerase mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q0u
タイトルCrystal structure of Acinetobacter sp. DL28 L-ribose isomerase mutant E204Q in complex with L-ribose
要素L-Ribose isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Cupin barrel / Sugar binding (砂糖)
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity
類似検索 - 分子機能
RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-ribopyranose / : / COBALT HEXAMMINE(III) / L-ribose / alpha-L-ribofuranose / L-Ribose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter (アシネトバクター)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Teraoka, M. / Izumori, K. / Kamitori, S.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: X-ray structure of a novel L-ribose isomerase acting on a non-natural sugar L-ribose as its ideal substrate.
著者: Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Teraoka, M. / Terami, Y. / Takata, G. / Izumori, K. / Kamitori, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Overexpression, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of L-ribose isomerase from Acinetobacter sp. strain DL-28
著者: Yoshida, H. / Teraoka, M. / Yoshihara, A. / Izumori, K. / Kamitori, S.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 2.02020年7月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-Ribose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7218
ポリマ－28,7501
非ポリマー9717
水2,306128
1
A: L-Ribose isomerase
ヘテロ分子

A: L-Ribose isomerase
ヘテロ分子

A: L-Ribose isomerase
ヘテロ分子

A: L-Ribose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,88432
ポリマ－115,0014
非ポリマー3,88328
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area14720 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area35850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.730, 107.060, 118.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 L-Ribose isomerase


分子量: 28750.270 Da / 分子数: 1 / 変異: E204Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter (アシネトバクター)
株: DL-28 / 遺伝子: L-RI / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q93UQ5, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換

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糖 , 3種, 5分子

#3: 糖 ChemComp-ROR / L-ribose / L-リボ-ス / リボース


タイプ: L-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
#4: 糖 ChemComp-Z6J / alpha-L-ribofuranose / alpha-L-ribose / L-ribose / ribose / リボース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LRibfaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-0MK / beta-L-ribopyranose / beta-L-ribose / L-ribose / ribose / L-ribopyranose / リボース


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LRibpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-ribopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-RibpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 130分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10-16%(v/v) PEG400, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES, 0.02M Hexaammine cobalt(III) chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月11日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→61.5 Å / Num. all: 21464 / Num. obs: 21464 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 2164 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.3精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Q0P

4q0p


解像度: 1.98→61.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 6490653.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 2135 9.9 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.222 21458 --
obs0.221 21458 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.891 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2---2.85 Å20 Å2
3---3.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→61.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1930 0 58 128 2116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.732.5
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 247 11.4 %
Rwork0.28 1915 -
obs-1915 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6ligand.paramligand.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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