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- PDB-4po7: Structure of the Sortilin:neurotensin complex at excess neurotens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4po7
タイトルStructure of the Sortilin:neurotensin complex at excess neurotensin concentration
要素
  • Neurotensin/neuromedin N
  • Sortilin
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / 10 bladed beta-propeller / PROTEIN SORTING RECEPTOR / Neurotensin (ニューロテンシン) / Glycosylation (グリコシル化) / Trans Golgi Network
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / negative regulation of lipoprotein lipase activity / neuropeptide receptor binding / Golgi to lysosome transport / myotube differentiation / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / plasma membrane to endosome transport / retromer complex binding / maintenance of synapse structure / Golgi to endosome transport ...neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / negative regulation of lipoprotein lipase activity / neuropeptide receptor binding / Golgi to lysosome transport / myotube differentiation / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / plasma membrane to endosome transport / retromer complex binding / maintenance of synapse structure / Golgi to endosome transport / nerve growth factor receptor activity / vesicle organization / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / nerve growth factor binding / protein targeting to lysosome / trans-Golgi network transport vesicle / neuropeptide hormone activity / クラスリン / Golgi cisterna membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / endosome to lysosome transport / glucose import / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuropeptide signaling pathway / axon terminus / クラスリン / 小胞 / blood vessel diameter maintenance / Peptide ligand-binding receptors / 骨化 / response to insulin / エンドサイトーシス / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cytoplasmic vesicle / G alpha (q) signalling events / 遺伝子発現の調節 / 核膜 / リソソーム / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / エンドソーム / endosome membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #270 / Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin/neuromedin N precursor / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 ...Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #270 / Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin/neuromedin N precursor / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / Complement Module; domain 1 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / リボン / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurotensin/neuromedin N / Sortilin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Quistgaard, E.M. / Groftehauge, M.K. / Thirup, S.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Revisiting the structure of the Vps10 domain of human sortilin and its interaction with neurotensin.
著者: Quistgaard, E.M. / Grftehauge, M.K. / Madsen, P. / Pallesen, L.T. / Christensen, B. / Srensen, E.S. / Nissen, P. / Petersen, C.M. / Thirup, S.S.
履歴
登録2014年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Other
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12020年10月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / reflns_shell / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _reflns_shell.Rmerge_I_obs

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortilin
N: Neurotensin/neuromedin N
P: Neurotensin/neuromedin N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7157
ポリマ－80,1273
非ポリマー1,5894
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)162.010, 78.650, 110.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ANP

#1: タンパク質 Sortilin / 100 kDa NT receptor / Glycoprotein 95 / Gp95 / Neurotensin receptor 3 / NT3 / NTR3


分子量: 76774.703 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 78-756 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORT1 / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q99523
#2: タンパク質・ペプチド Neurotensin/neuromedin N / Large neuromedin N / NmN-125 / Neuromedin N / NN / NmN / Neurotensin / NT / Tail peptide


分子量: 1675.948 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 151-163 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30990

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糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 109分子

#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.27 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 20% PEG 6k, 300 mM sodium malonate, 3% glycerol and 100 mM TrisHCl, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.90736 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90736 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→20.97 Å / Num. all: 32509 / Num. obs: 32040 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 71.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 16.79
反射 シェル解像度: 2.66→2.73 Å / 冗長度: 3.37 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.3_1479) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→20.968 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2119 1620 5.06 %
Rwork0.1661 --
obs0.1684 31988 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→20.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5305 0 105 108 5518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7567508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2082009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003953
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.66-2.73810.28611310.24162499X-RAY DIFFRACTION99
2.7381-2.82630.33441320.24852500X-RAY DIFFRACTION99
2.8263-2.92710.29041130.24112554X-RAY DIFFRACTION99
2.9271-3.04390.3031430.22252502X-RAY DIFFRACTION99
3.0439-3.1820.27711380.21092540X-RAY DIFFRACTION99
3.182-3.34910.25611530.19992489X-RAY DIFFRACTION99
3.3491-3.5580.25881330.17892538X-RAY DIFFRACTION100
3.558-3.83120.2061410.16932524X-RAY DIFFRACTION99
3.8312-4.21390.21221380.14492565X-RAY DIFFRACTION100
4.2139-4.81720.16021350.12742543X-RAY DIFFRACTION99
4.8172-6.0450.16351340.14162579X-RAY DIFFRACTION100
6.045-20.96880.19441290.15872535X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8101-1.9952-0.26558.6691-0.60541.0346-0.3265-1.0704-0.61420.62190.15010.14210.43350.4570.1450.8528-0.0821-0.2161.15990.26880.6391-12.8992-10.765841.0406
29.2328-5.6548-2.04665.06791.72581.6789-0.1941-1.1508-0.41420.7250.32250.2594-0.3320.7003-0.09571.0668-0.1331-0.13640.98890.10180.53-21.03834.398449.0542
37.6992-2.1466-0.07593.8265-1.61563.64220.0656-0.68290.13040.57370.2301-0.4786-0.94620.2535-0.2381.0365-0.2867-0.04840.7712-0.05770.6005-17.164715.399738.7501
42.0832-0.14280.62594.33092.568560.21460.19590.4843-0.1999-0.19430.0045-1.4986-0.170.01630.84250.04830.11890.5140.1080.5468-26.530917.523415.6405
55.4614-0.1584-1.62746.5693-1.05825.01630.02520.3507-0.3781-0.0356-0.20880.14960.1855-0.44450.11590.2867-0.01490.00650.5138-0.0740.4152-27.966-12.402113.1552
63.06130.0096-0.67262.06260.3184.64450.021-0.5136-0.46380.481-0.2073-0.5930.60650.74770.17820.56050.0316-0.10460.64770.20450.729-12.1186-16.781526.1538
75.3921-7.87353.27067.311-4.76631.45560.59951.56860.8871-0.7645-1.1992-0.9263-0.02940.51330.44470.78710.27320.11811.46120.25891.0291-22.54817.5846-9.6565
85.5103-2.85273.96685.8794-1.34523.03210.69881.0507-1.04632.5242-1.3427-0.1027-1.57512.18480.16791.1643-0.146-0.19011.0911-0.07580.704-26.38752.155127.8553
99.4509-7.7308-0.46058.24220.46481.6172-0.78970.02041.1561-0.30010.0859-0.85360.548-1.26890.96241.5314-0.1106-0.43261.70080.35311.0833-27.590421.61250.5864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 53 through 96)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resid 97 through 137 ) or (resid 807))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 193 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 194 through 352 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resid 353 through 470 ) or (resid 801 through 803))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and ((resid 471 through 627 ) or (resid 804 through 806))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 628 through 714 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'N' and (resid 1 through 13 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'P' and (resid 9 through 13 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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