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万見
- PDB-4p3f: Structure of the human SRP68-RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p3f
タイトルStructure of the human SRP68-RBD
要素Signal recognition particle subunit SRP68シグナル認識粒子
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / SRPSRP68RNA-binding domain (RBD) / Tetratricopeptide repeat (TPR)
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / シグナル認識粒子 / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / リボソーム / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding ...endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / シグナル認識粒子 / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / リボソーム / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / focal adhesion / 核小体 / 小胞体 / RNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP68 subunit, RNA-binding domain / Hyaluronidase domain-like / Signal recognition particle subunit SRP68 / Signal recognition particle subunit SRP68, RNA-binding domain / SRP68, N-terminal domain superfamily / RNA-binding signal recognition particle 68 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Signal recognition particle subunit SRP68
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Grotwinkel, J.T. / Wild, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB638 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: SRP RNA remodeling by SRP68 explains its role in protein translocation.
著者: Grotwinkel, J.T. / Wild, K. / Segnitz, B. / Sinning, I.
履歴
登録2014年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle subunit SRP68
B: Signal recognition particle subunit SRP68
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7759
ポリマ－51,2082
非ポリマー5677
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.810, 93.310, 60.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Signal recognition particle subunit SRP68 / シグナル認識粒子 / SRP68 / Signal recognition particle 68 kDa protein


分子量: 25604.229 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 47-254 / 変異: E108D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRP68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHB9
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: K/Na tartrate, PEG5000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.699→48.86 Å / Num. obs: 42912 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20.78 Å2 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / Rsym value: 0.02

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P3G

4p3g


解像度: 1.699→35.676 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 2145 5 %
Rwork0.176 40756 -
obs0.1781 42901 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.02 Å2 / Biso mean: 26.0577 Å2 / Biso min: 7.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.699→35.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3261 0 37 367 3665
Biso mean--39.78 35.97 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013421
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2264577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5161352
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6991-1.73860.27881330.24582526265993
1.7386-1.78210.291430.221327222865100
1.7821-1.83030.25891440.215327362880100
1.8303-1.88410.26451460.201527722918100
1.8841-1.94490.24211410.197426692810100
1.9449-2.01450.26371440.19922741288599
2.0145-2.09510.27161420.18692710285299
2.0951-2.19040.22731440.175527232867100
2.1904-2.30590.251440.1827422886100
2.3059-2.45030.23711430.172127172860100
2.4503-2.63950.21961420.17792691283398
2.6395-2.9050.2121450.174427532898100
2.905-3.32510.21121440.170527342878100
3.3251-4.18820.16821440.15112747289199
4.1882-35.68420.20281460.16842773291999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70340.50293.23870.3680.95116.33480.1567-0.0417-0.3711-0.08120.0161-0.02190.25970.2349-0.14410.07940.03540.0050.13880.01490.14026.4429-23.5238-18.0485
20.7659-1.37721.40764.6944-4.17946.1083-0.0839-0.0185-0.03170.2091-0.082-0.11320.08640.05080.140.1052-0.0059-0.00060.0994-0.01130.1378-3.6398-28.9921-8.766
33.1319-0.98371.47386.4053-2.76424.6422-0.04240.01150.09420.10950.00870.1581-0.1815-0.02960.02490.05120.00360.00650.128-0.03220.0899-1.5647-17.5057-12.7885
46.3963-4.99292.70588.0048-3.27624.1708-0.2219-0.27270.12770.60830.1043-0.0246-0.3754-0.03050.10130.1322-0.05010.00880.1163-0.04640.09592.0048-11.3324-8.007
52.2969-0.9206-0.35352.7698-0.51461.34820.0920.0307-0.0116-0.0329-0.0812-0.1619-0.09830.1539-0.01250.0704-0.0353-0.02150.1251-0.00720.101913.5029-8.5316-17.6704
66.47550.3022-0.76163.9566-0.25884.01090.1422-0.36530.05670.54540.02940.0908-0.2075-0.0149-0.11810.21360.0110.00970.0945-0.0250.10741.1057-42.8848-8.6757
73.90873.9165-3.29177.1392-4.18024.9131-0.1458-0.01490.073-0.27830.1021-0.1809-0.22230.00270.03950.22830.05920.02270.1663-0.02870.15360.9058-33.9543-24.8963
86.60494.3902-2.18946.7725-1.80083.8366-0.0181-0.01720.1212-0.02680.01740.23180.1141-0.25620.01660.10920.04730.00660.1064-0.02340.098-0.8447-47.6694-18.8171
97.9887.06490.0518.148-0.05752.548-0.1416-0.0735-0.1436-0.17020.0278-0.09990.3585-0.02990.10280.17220.04050.01860.0997-0.00490.08793.6889-53.9998-21.3154
103.23631.55720.49193.9653-0.6662.2319-0.0038-0.2572-0.10740.1675-0.1247-0.26050.43050.22250.11880.23650.08240.02810.17570.0130.102810.1667-57.113-9.9699
113.45081.9942-0.46398.1822-2.03391.51130.3168-0.40380.15090.5712-0.44470.29260.3814-0.00840.12320.2878-0.03980.0120.25210.01980.08546.9283-57.6962-1.0596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 49 through 65 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 106 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 142 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 143 through 171 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 172 through 244 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 47 through 71 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 72 through 105 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 106 through 140 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 141 through 171 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 172 through 218 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 219 through 244 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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