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- PDB-4ox6: Structure of Synechococcus elongatus PCC 7942 CcmK4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ox6
タイトルStructure of Synechococcus elongatus PCC 7942 CcmK4
要素Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Bacterial Microcompartment
機能・相同性
機能・相同性情報


カルボキシソーム
類似検索 - 分子機能
BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome shell protein CcmK4
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3367 Å
データ登録者Sutter, M. / Kinney, J.N. / Cai, F. / Kerfeld, C.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: Acs Synth Biol / 年: 2015
タイトル: Engineering bacterial microcompartment shells: chimeric shell proteins and chimeric carboxysome shells.
著者: Cai, F. / Sutter, M. / Bernstein, S.L. / Kinney, J.N. / Kerfeld, C.A.
履歴
登録2014年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1552
ポリマ－27,1552
非ポリマー00
水1,51384
1
A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4646
ポリマ－81,4646
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area12830 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.452, 67.452, 63.351
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細Oligomeric state confirmed by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK


分子量: 13577.287 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 1-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: Synpcc7942_0285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31RK2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 15 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3367→33.726 Å / Num. obs: 34786 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.0446 / Net I/σ(I): 28.33
反射 シェル解像度: 1.3367→1.38 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / % possible all: 63.4

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A10

2a10


解像度: 1.3367→33.726 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1894 1995 5.75 %
Rwork0.1668 --
obs0.1682 34725 93.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3367→33.726 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1453 0 0 84 1537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7922013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.118229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011264
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3367-1.37020.3893900.36751487X-RAY DIFFRACTION60
1.3702-1.40720.30811160.27361883X-RAY DIFFRACTION76
1.4072-1.44860.29281340.22552166X-RAY DIFFRACTION87
1.4486-1.49540.21471400.19692308X-RAY DIFFRACTION93
1.4954-1.54880.23471470.1912411X-RAY DIFFRACTION97
1.5488-1.61080.21391520.1672469X-RAY DIFFRACTION100
1.6108-1.68420.22481540.15042493X-RAY DIFFRACTION100
1.6842-1.77290.16921570.15362483X-RAY DIFFRACTION100
1.7729-1.8840.18751490.15552479X-RAY DIFFRACTION100
1.884-2.02950.17031460.14492478X-RAY DIFFRACTION100
2.0295-2.23370.17351450.14592509X-RAY DIFFRACTION100
2.2337-2.55680.18871550.15642511X-RAY DIFFRACTION100
2.5568-3.22090.17741530.16692507X-RAY DIFFRACTION100
3.2209-33.73670.16251570.16222546X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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