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万見
- PDB-4oc8: DNA modification-dependent restriction endonuclease AspBHI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oc8
タイトルDNA modification-dependent restriction endonuclease AspBHI
要素restriction endonuclease AspBHI
キーワードHYDROLASE / DNA Cleavage / DNA Restriction Enzymes / DNA-Binding Proteins / Tetramerization / Models / Molecular / Azoarcus / Protein Multimerization / Protein Structure / Tertiary
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA restriction-modification system / endonuclease activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
PUA domain-like - #20 / Restriction endonuclease AspBHI, N-terminal / Restriction endonuclease AspBHI N-terminal / Restriction endonuclease type IV, Mrr / Restriction endonuclease / PUA domain-like / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich ...PUA domain-like - #20 / Restriction endonuclease AspBHI, N-terminal / Restriction endonuclease AspBHI N-terminal / Restriction endonuclease type IV, Mrr / Restriction endonuclease / PUA domain-like / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Azoarcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.884 Å
データ登録者Horton, J.R.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Structure and mutagenesis of the DNA modification-dependent restriction endonuclease AspBHI.
著者: Horton, J.R. / Nugent, R.L. / Li, A. / Mabuchi, M.Y. / Fomenkov, A. / Cohen-Karni, D. / Griggs, R.M. / Zhang, X. / Wilson, G.G. / Zheng, Y. / Xu, S.Y. / Cheng, X.
履歴
登録2014年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: restriction endonuclease AspBHI
B: restriction endonuclease AspBHI
C: restriction endonuclease AspBHI
D: restriction endonuclease AspBHI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,02212
ポリマ－171,2624
非ポリマー7608
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12090 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area49550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.092, 195.092, 81.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質
restriction endonuclease AspBHI


分子量: 42815.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus sp. (バクテリア) / 株: BH72 / 遺伝子: azo0355 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1K2B7
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 12% polyethylene glycol 3350, 0.5 M K2HPO4/Na2HPO4, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1.06296 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06296 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→30.74 Å / Num. all: 40080 / Num. obs: 40065 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 64.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.89→2.99 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8_1069位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.884→30.739 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 2011 5.03 %
Rwork0.1971 --
obs0.199 39996 99.79 %
all-39996 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.884→30.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9402 0 40 53 9495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86913228
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7133506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8839-2.9560.36811030.27242707X-RAY DIFFRACTION99
2.956-3.03580.34482060.2572619X-RAY DIFFRACTION100
3.0358-3.12510.27921010.24482753X-RAY DIFFRACTION100
3.1251-3.22580.28762040.23612633X-RAY DIFFRACTION100
3.2258-3.3410.27541020.22482743X-RAY DIFFRACTION100
3.341-3.47460.27921000.20872745X-RAY DIFFRACTION100
3.4746-3.63250.26312020.19852649X-RAY DIFFRACTION100
3.6325-3.82370.24881010.19742736X-RAY DIFFRACTION100
3.8237-4.06280.23141960.18332683X-RAY DIFFRACTION100
4.0628-4.37560.1603970.16512731X-RAY DIFFRACTION100
4.3756-4.81450.21871620.15822709X-RAY DIFFRACTION100
4.8145-5.50770.20861460.16762725X-RAY DIFFRACTION100
5.5077-6.9260.2441020.19762788X-RAY DIFFRACTION100
6.926-30.74030.19721890.2132764X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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