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Yorodumi- PDB-4nwp: Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedra... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4nwp | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage, T33-21, Crystallized in Space Group R32 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / two-component / self-assembling / tetrahedron / designed protein cage / computational design / computational biology / protein engineering / multimerization / nanomaterial / nanostructure | ||||||
| Function / homology | Function and homology information5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / corrinoid adenosyltransferase activity / catabolic process / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Pyrococcus horikoshii (archaea)![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | McNamara, D.E. / King, N.P. / Bale, J.B. / Sheffler, W. / Baker, D. / Yeates, T.O. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014Title: Accurate design of co-assembling multi-component protein nanomaterials. Authors: King, N.P. / Bale, J.B. / Sheffler, W. / McNamara, D.E. / Gonen, S. / Gonen, T. / Yeates, T.O. / Baker, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4nwp.cif.gz | 416.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4nwp.ent.gz | 343.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4nwp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4nwp_validation.pdf.gz | 506.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4nwp_full_validation.pdf.gz | 509.6 KB | Display | |
| Data in XML | 4nwp_validation.xml.gz | 37.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 4nwp_validation.cif.gz | 51.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwp | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4nwnC ![]() 4nwoC ![]() 4nwqC ![]() 4nwrC ![]() 1wy1S ![]() 3e6qS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 19316.582 Da / Num. of mol.: 4 Mutation: K85A, E88L, G89K, S92L, E95M, E126L, A130L, L133T, K140A, L143A, V144A, N147L, R148A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Pyrococcus horikoshii (archaea) / Strain: OT3 / Gene: PH0671 / Plasmid: pET29b / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 14346.274 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: A27K, A74I, Q78T, A79L, E82A, E86A, G90E, A112L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-NH4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.8 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 5 Details: 100 mM citric acid pH 5.0, 800 mM (NH4)2 SO4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 1.0393 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0393 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→93.782 Å / Num. obs: 92425 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.75 % / Biso Wilson estimate: 37.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.99 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 1.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / % possible all: 100 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1WY1 AND 3E6Q Resolution: 2.1→93.78 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.36 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 42.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→93.78 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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