+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qwt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of a possible member of GH105 family from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150 | ||||||
要素 | Putative GH105 family protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomic s / MCSG / Hydrolase (加水分解酵素) / GH105 / Midwest Center for Structural Genomics / alpha/alpha toroid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.183 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a possible member of GH105 family from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150 著者: Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qwt.cif.gz | 619.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3qwt.ent.gz | 535.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qwt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwt | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||
詳細 | Experimentally Unknown. It is possilbe the molecule forms dimer. The chains A and B form a dimer. The chain C and its symmetry-related moleucle, by an operator -x,y,-z+1/2, form a dimer. The chain D and its symmtry-related molecule, by an operator, -x,y,-z+1/2, form a dimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44912.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A (サルモネラ菌) 遺伝子: SPA0958 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5PMY7, UniProt: A0A0H2WND1*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Tris.HCl, 25% (w/v) PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942, 0.97951 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月31日 / 詳細: mirror | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
| |||||||||
反射 | 解像度: 2.18→40 Å / Num. all: 87941 / Num. obs: 87941 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 20.7 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.696 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique all: 4188 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.183→39.84 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.937 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.183→39.84 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|