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万見
- PDB-4nbo: Human steroid receptor RNA activator protein carboxy-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nbo
タイトルHuman steroid receptor RNA activator protein carboxy-terminal domain
要素Steroid receptor RNA activator 1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / 5-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid receptor RNA activator RNA binding / SCAR complex / negative regulation of myoblast differentiation / 細胞結合 / cellular response to estrogen stimulus / regulation of mitotic cell cycle / nuclear receptor coactivator activity / microtubule cytoskeleton / regulation of apoptotic process / transcription coactivator activity ...steroid receptor RNA activator RNA binding / SCAR complex / negative regulation of myoblast differentiation / 細胞結合 / cellular response to estrogen stimulus / regulation of mitotic cell cycle / nuclear receptor coactivator activity / microtubule cytoskeleton / regulation of apoptotic process / transcription coactivator activity / 細胞分化 / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Steroid receptor RNA activator 1 / RNA Binding Protein, Prp18; Chain A / Functional domain of the splicing factor Prp18 / SRA1/Sec31 / Steroid receptor RNA activator (SRA1) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Steroid receptor RNA activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.807 Å
データ登録者Mckay, D.B. / Xi, L. / Barthel, K.K.B. / Cech, T.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and function of steroid receptor RNA activator protein, the proposed partner of SRA noncoding RNA.
著者: McKay, D.B. / Xi, L. / Barthel, K.K. / Cech, T.R.
履歴
登録2013年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid receptor RNA activator 1
B: Steroid receptor RNA activator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4872
ポリマ－25,4872
非ポリマー00
水0
1
A: Steroid receptor RNA activator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7441
ポリマ－12,7441
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Steroid receptor RNA activator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7441
ポリマ－12,7441
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.901, 85.901, 100.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Steroid receptor RNA activator 1 / Steroid receptor RNA activator protein / SRAP


分子量: 12743.624 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 106-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PP7684, sra, SRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HD15

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.4-2.0 Malonate(Na+), 0.1 M Mops as precipitant, stabilized in 2.4 M Malonate, 0.1 M MOPS pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月15日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 9705 / Num. obs: 9695 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.059
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 8 % / Num. unique all: 463 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YRU

2yru


解像度: 2.807→39.489 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2777 479 4.97 %5% of data
Rwork0.2452 ---
obs0.2468 9632 99.55 %-
all-9676 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.663 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2601 Å20 Å20 Å2
2---0.2601 Å2-0 Å2
3---0.5203 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.807→39.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1640 0 0 0 1640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7522238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.502640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8066-3.21260.39021570.29852981X-RAY DIFFRACTION100
3.2126-4.04690.29071550.24942996X-RAY DIFFRACTION99
4.0469-39.49320.23921670.22643176X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.2226 Å / Origin y: 33.8795 Å / Origin z: -17.7535 Å
111213212223313233
T0.3651 Å2-0.0664 Å20.0669 Å2-0.3185 Å2-0.0691 Å2--0.3401 Å2
L1.904 °2-1.0024 °20.9596 °2-3.4092 °2-0.3697 °2--2.455 °2
S0.0528 Å °0.0522 Å °0.1397 Å °0.224 Å °-0.0224 Å °-0.0545 Å °-0.1946 Å °0.2092 Å °-0.0286 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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