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Yorodumi- PDB-4n41: Structure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4n41 | ||||||
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Title | Structure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA and 15-mer target DNA | ||||||
Components |
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Keywords | NUCLEAR PROTEIN/DNA / Argonaute / RNA interference / DNA interference / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.248 Å | ||||||
Authors | Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Wang, Y. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: Structure-based cleavage mechanism of Thermus thermophilus Argonaute DNA guide strand-mediated DNA target cleavage. Authors: Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Tian, W. / Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Patel, D.J. / Wang, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4n41.cif.gz | 299.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4n41.ent.gz | 232.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4n41.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/4n41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/4n41 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4kpyC 4n47C 4n76C 4ncaC 4ncbC 3f73S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 76728.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: Thermophilus / Gene: Argonaute, TT_P0026 / Plasmid: pET-SUMO / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta / References: UniProt: Q746M7 |
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-DNA chain , 3 types, 4 molecules CEDF
#2: DNA chain | Mass: 6588.266 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: DNA chain | | Mass: 3871.538 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #4: DNA chain | | Mass: 4184.745 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
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-Non-polymers , 2 types, 173 molecules
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 306 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 3.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 306K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.248→50 Å / Num. obs: 86435 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 49.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.442 / Net I/σ(I): 10.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3F73 Resolution: 2.248→45.524 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.7809 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.48 Å2 / Biso mean: 68.4624 Å2 / Biso min: 20 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.248→45.524 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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