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- PDB-4ma4: S-glutathionylated PFKFB3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ma4
タイトルS-glutathionylated PFKFB3
要素6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Transferase (転移酵素) / S-glutathionylated protein / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / phosphoryl transferase / S-glutathionylation / cytosol (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


ホスホフルクトキナーゼ2 / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / フルクトース-2,6-ビスリン酸-2-ホスファターゼ / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / fructose metabolic process / 核質 / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ホスホフルクトキナーゼ2 / ホスホフルクトキナーゼ2 / ホスホフルクトキナーゼ2 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily ...ホスホフルクトキナーゼ2 / ホスホフルクトキナーゼ2 / ホスホフルクトキナーゼ2 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / グルタチオン / マロン酸 / 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Lee, Y.-H. / Seo, M.-S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: PFKFB3 Regulates Oxidative Stress Homeostasis via Its S-Glutathionylation in Cancer.
著者: Seo, M. / Lee, Y.H.
履歴
登録2013年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9577
ポリマ－59,6941
非ポリマー1,2636
水2,918162
1
A: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
ヘテロ分子

A: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,91414
ポリマ－119,3882
非ポリマー2,52612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area8790 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area41150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.508, 102.508, 260.606
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3 / 6PF-2-K/Fru-2 / 6-P2ase 3 / PFK/FBPase 3 / 6PF-2-K/Fru-2 / 6-P2ase brain/placenta-type isozyme / ...6PF-2-K/Fru-2 / 6-P2ase 3 / PFK/FBPase 3 / 6PF-2-K/Fru-2 / 6-P2ase brain/placenta-type isozyme / Renal carcinoma antigen NY-REN-56 / iPFK-2 / 6-phosphofructo-2-kinase / Fructose-2 / 6-bisphosphatase


分子量: 59694.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFKFB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q16875, ホスホフルクトキナーゼ2, フルクトース-2,6-ビスリン酸-2-ホスファターゼ
#6: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸 / フルクトース-6-リン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 167分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸 / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.85 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM MES, pH 6.0, 7% (w/v) polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月10日
放射モノクロメーター: Kohzu monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.7 Å / Num. obs: 37905 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.68
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.23→47.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.541 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24181 2004 5 %RANDOM
Rwork0.19947 ---
obs0.20154 37905 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20 Å20 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----2.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3623 0 81 162 3866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.023791
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.181.9875130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1525445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.58923.369187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.71615677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8081536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1371.52255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08623661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.47431590
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2184.51538
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.292 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 147 -
Rwork0.289 2677 -
obs--97.41 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.231 Å / Origin y: 60.8593 Å / Origin z: 8.7932 Å
111213212223313233
T0.0651 Å20.0173 Å20.0055 Å2-0.0321 Å2-0.0172 Å2--0.0143 Å2
L0.8276 °2-0.2325 °2-0.0679 °2-0.5039 °20.3077 °2--0.4522 °2
S0.0671 Å °0.0709 Å °-0.0539 Å °-0.1375 Å °-0.0905 Å °0.0186 Å °-0.0044 Å °-0.0532 Å °0.0233 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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