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- PDB-2i1v: Crystal structure of PFKFB3 in complex with ADP and Fructose-2,6-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i1v
タイトルCrystal structure of PFKFB3 in complex with ADP and Fructose-2,6-bisphosphate
要素6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 3
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / HYDROLASE (加水分解酵素) / ternary product complex / ADP and F-2 / 6-P2 in 2-Kase / E-P and F-6-P in 2-Pase
機能・相同性
機能・相同性情報


ホスホフルクトキナーゼ2 / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / フルクトース-2,6-ビスリン酸-2-ホスファターゼ / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / fructose metabolic process / 核質 / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ホスホフルクトキナーゼ2 / ホスホフルクトキナーゼ2 / ホスホフルクトキナーゼ2 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily ...ホスホフルクトキナーゼ2 / ホスホフルクトキナーゼ2 / ホスホフルクトキナーゼ2 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / 亜リン酸 / 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, S.G. / El-Maghrabi, M.R. / Lee, Y.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: A Direct Substrate-Substrate Interaction Found in the Kinase Domain of the Bifunctional Enzyme, 6-Phosphofructo-2-kinase/Fructose-2,6-bisphosphatase
著者: Kim, S.G. / Cavalier, M. / El-Maghrabi, M.R. / Lee, Y.H.
履歴
登録2006年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag ..._atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8045
ポリマ－59,6941
非ポリマー1,1094
水3,999222
1
B: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 3
ヘテロ分子

B: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,60710
ポリマ－119,3882
非ポリマー2,2198
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area8410 Å2
ΔGint-39.3 kcal/mol
Surface area41660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.140, 102.140, 259.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-839-

HOH

21B-915-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 3 / PFKFB3 / Phosphoryl transferase


分子量: 59694.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q16875, ホスホフルクトキナーゼ2, フルクトース-2,6-ビスリン酸-2-ホスファターゼ

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糖 , 2種, 2分子

#2: 糖 ChemComp-FDP / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-2,6-DIPHOSPHATE / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス2,6-ビスりん酸 / フルクトース-2,6-ビスリン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf2PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸 / フルクトース-6-リン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 224分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-PHS / PHOSPHONIC ACID / ホスホン酸 / 亜リン酸


分子量: 81.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3O3P
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, ethylene glycol, Tris, phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.3808 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月13日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 28580 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2399 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AXN

2axn


解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 2770 -RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.24 28680 --
obs0.24 28580 10 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3657 0 67 222 3946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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