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- PDB-4lm6: Light harvesting complex PC612 from the cryptophyte Hemiselmis vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lm6
タイトルLight harvesting complex PC612 from the cryptophyte Hemiselmis virescens M1635
要素
  • cryptophyte phycocyanin alpha chain
  • cryptophyte phycocyanin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / phycobiliprotein / thylakoid lumen (チラコイド)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / フィコビリソーム / 色素体 / chloroplast thylakoid membrane / 光合成
類似検索 - 分子機能
Cryptophytan Phycoerythrin (Alpha-1 Chain); Chain A / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin-like alpha chain superfamily / Phycoerythrin, alpha/beta chain / フィコシアニン / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein ...Cryptophytan Phycoerythrin (Alpha-1 Chain); Chain A / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin-like alpha chain superfamily / Phycoerythrin, alpha/beta chain / フィコシアニン / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フィコシアノビリン / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN / Cryptophyte phycocyanin alpha chain / Cryptophyte phycocyanin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Hemiselmis virescens (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Single-residue insertion switches the quaternary structure and exciton states of cryptophyte light-harvesting proteins.
著者: Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Dinshaw, R. / Collini, E. / Mirkovic, T. / Teng, C.Y. / Oblinsky, D.G. / Green, B.R. / Hoef-Emden, K. / Hiller, R.G. / Scholes, G.D. / Curmi, P.M.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cryptophyte phycocyanin alpha chain
B: cryptophyte phycocyanin beta chain
C: cryptophyte phycocyanin alpha chain
D: cryptophyte phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,20812
ポリマ－49,5074
非ポリマー4,7018
水12,124673
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19530 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.081, 132.081, 64.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 cryptophyte phycocyanin alpha chain


分子量: 6525.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemiselmis virescens (真核生物) / 株: M1635 / 参照: UniProt: A0A075B5G1*PLUS
#2: タンパク質 cryptophyte phycocyanin beta chain


分子量: 18227.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemiselmis virescens (真核生物) / 株: M1635 / 参照: UniProt: A0A075B5G2*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-DBV / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) with sagittally bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.13 Å / Num. all: 70449 / Num. obs: 70433 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 10054 / Rsym value: 0.79 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1415)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGW, CHAIN C

1qgw


解像度: 1.7→28.929 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 3565 5.06 %RANDOM
Rwork0.161 ---
all0.1629 70433 --
obs0.1629 70433 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 344 673 4445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3165340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2241439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006687
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.7-1.72330.31351580.257326552655
1.7233-1.74790.24581340.232926622662
1.7479-1.7740.1911300.216226752675
1.774-1.80170.25261250.212726382638
1.8017-1.83120.25761530.215926842684
1.8312-1.86280.27441480.217626622662
1.8628-1.89670.28981380.215526092609
1.8967-1.93320.24811620.203326802680
1.9332-1.97260.23081310.195326612661
1.9726-2.01550.22131450.188426652665
2.0155-2.06240.22811340.18126742674
2.0624-2.11390.1851280.177326592659
2.1139-2.17110.20141610.172426722672
2.1711-2.23490.21771380.171726612661
2.2349-2.3070.2311240.16826992699
2.307-2.38940.23671430.164326662666
2.3894-2.48510.23941460.159626762676
2.4851-2.59810.16461580.152726652665
2.5981-2.7350.21581330.152726692669
2.735-2.90620.18961080.160827112711
2.9062-3.13030.19731620.154726852685
3.1303-3.44490.1781650.148226612661
3.4449-3.94230.15861430.137926962696
3.9423-4.96280.15291480.121427172717
4.9628-28.93340.16541500.137427662766
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59751.66020.52253.99220.28251.13080.02180.3762-0.1579-0.1648-0.1242-0.0895-0.1740.0679-0.02270.1366-0.00840.06470.2732-0.12420.2575-39.532816.063-15.461
22.097-1.04650.58851.93672.95377.6304-0.00750.37130.3878-0.30770.1909-0.4332-0.34660.5488-0.14630.2679-0.05160.07370.4374-0.02620.4783-23.653921.6977-13.819
33.0667-0.2836-1.01852.00060.07392.08290.00550.344-0.1415-0.2158-0.0719-0.2206-0.13070.19540.11010.1467-0.02440.02730.274-0.05270.1941-36.781916.6875-15.0971
43.5432-4.07660.39945.99121.82735.4416-0.15050.14760.18820.1566-0.0032-0.0228-0.1435-0.07170.220.1701-0.00740.07640.13950.04730.278-59.829517.86861.3698
50.78550.52060.18235.4651-3.60553.13790.02150.9376-0.2033-1.099-0.0013-0.34210.37720.3217-0.02280.43430.00770.10190.5935-0.13110.3178-36.831410.388-26.3697
63.44093.3937-0.40375.4359-1.96633.01150.09520.4711-0.4998-0.4679-0.1772-0.65230.20940.28870.07620.22020.00370.10050.3512-0.13310.3785-32.079911.4787-18.2934
71.7119-0.4453-0.84330.51310.36230.46750.03770.36940.1102-0.39640.0852-0.1860.002-0.06760.03450.4674-0.04710.24690.85430.10190.2661-33.906524.9049-29.3059
81.3894-0.4506-0.23971.7222-0.03251.26170.05580.2962-0.0538-0.0826-0.06730.008-0.14120.11060.07130.1316-0.01020.00370.1833-0.02820.1053-51.219522.9574-13.3156
91.7555-0.5587-0.08610.2922-0.17410.7532-0.16640.0542-0.37110.06180.02920.15330.2221-0.2219-0.07630.1761-0.06920.19980.1564-0.02930.5999-67.58078.693-3.1478
101.2218-0.629-0.40081.6588-0.31362.35440.04880.3428-0.4223-0.08990.01220.2490.08890.11520.12930.1194-0.00610.00660.1993-0.12470.2219-50.965912.3402-13.7073
110.46460.1546-0.20590.9610.21610.22490.00140.3389-0.3545-0.2586-0.00710.33790.0342-0.00830.24240.2093-0.0759-0.02770.4222-0.36460.4373-55.3366.2464-22.0076
122.95932.33010.23214.14580.08161.5872-0.03330.41150.0518-0.1389-0.10010.3161-0.1413-0.06580.12190.15290.0123-0.03180.2297-0.04260.1782-57.554224.6916-15.3493
132.7752-2.19740.45382.97421.72483.60290.10680.116-0.19140.2386-0.19180.3111-0.10980.06250.04230.2256-0.0481-0.00390.2135-0.01160.1799-47.597633.2167-9.4048
142.1991.13090.41452.99720.60021.7153-0.02030.8472-0.1211-0.62090.10820.2781-0.1773-0.09480.02290.25890.0349-0.04040.4598-0.04720.2053-53.174723.4306-24.6851
152.0566-1.4638-2.23013.8287-0.47967.1946-0.2871-0.18290.24990.3402-0.0909-0.3836-0.35440.57980.31330.3940.1466-0.25680.246-0.05170.4305-24.953423.490213.6893
164.30822.77340.93643.11780.76361.21-0.1919-0.1693-0.40660.38910.2540.12510.212-0.0384-0.05080.37190.11030.06340.18290.07230.3314-46.17768.23428.6612
173.5048-3.36760.48257.18861.94912.03030.0369-0.024-0.23780.28860.0430.18020.0034-0.0644-0.06190.44510.10550.0960.18370.03850.4852-46.0014-1.85791.935
181.44771.15350.46782.6351-0.94831.1922-0.1129-0.3451-0.46820.48260.27580.04840.2167-0.05580.04140.50180.12730.0990.23650.10840.4216-40.91387.35089.8185
193.2027-3.1038-0.94256.37822.29843.5356-0.16730.16130.05150.14550.0650.1027-0.0097-0.20190.10210.1497-0.0198-0.04910.12880.02880.1728-43.829734.9291-3.8671
203.09612.0264-0.65783.3005-0.40871.39870.055-0.5343-0.65680.48610.0571-0.48120.01940.19540.24540.66420.2027-0.10280.30840.11430.4485-33.01747.175615.1365
210.1355-0.08640.12290.2362-0.06620.38150.0349-0.1119-0.06850.16870.08510.06220.0325-0.10280.00140.97540.41220.19980.49140.44690.347-46.47656.002824.1032
221.4368-0.1660.01751.0612-0.12850.8654-0.2859-0.25960.09360.37410.16730.070.23360.00730.06290.27390.0769-0.02420.14540.02490.147-45.472127.85958.6868
231.92251.29620.0418.2156-0.08580.0823-0.18910.24240.4297-0.09180.197-0.396-0.17690.3018-0.10990.2139-0.0171-0.11250.1826-0.01130.4121-31.61441.9492-0.7302
241.4035-0.18090.47741.3172-1.06171.811-0.1906-0.31190.00930.43320.2782-0.24630.10650.23390.34410.31540.1206-0.10070.1771-0.02470.1454-36.39624.76229.3391
251.1941-0.2650.14460.50150.21070.1703-0.2516-0.51180.10740.68750.2496-0.41580.1650.1289-0.00220.4240.1762-0.22120.245-0.05070.2296-36.832529.789615.9806
261.39780.1141.29050.66620.64951.7277-0.2529-0.4841-0.03830.56650.25540.19530.0414-0.12350.03930.4720.15780.03730.29610.01920.1307-50.43724.866117.0858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 30 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 48 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 49 through 62 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 11 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 12 through 20 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 21 through 33 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 34 through 62 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 63 through 75 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 76 through 99 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 100 through 123 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 124 through 147 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 148 through 152 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 153 through 177 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 6 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 7 through 20 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 21 through 25 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 26 through 48 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 49 through 62 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 3 through 20 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 21 through 33 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 34 through 67 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 68 through 75 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 76 through 99 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 100 through 143 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 144 through 177 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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