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万見
- PDB-4kai: HCV NS5B GT1B N316 with GSK5852A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kai
タイトルHCV NS5B GT1B N316 with GSK5852A
要素HCV Polymerase
キーワードREPLICATION/REPLICATION INHIBITOR / HCV Polymerase / HCV NS5B / Site IV Inhibitor / boron (ホウ素) / RNA Dependent RNA Polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / REPLICATION-REPLICATION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PV / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Williams, S.P. / Kahler, K.M. / Shotwell, J.B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery of a Potent Boronic Acid Derived Inhibitor of the HCV RNA-Dependent RNA Polymerase.
著者: Maynard, A. / Crosby, R.M. / Ellis, B. / Hamatake, R. / Hong, Z. / Johns, B.A. / Kahler, K.M. / Koble, C. / Leivers, A. / Leivers, M.R. / Mathis, A. / Peat, A.J. / Pouliot, J.J. / Roberts, C. ...著者: Maynard, A. / Crosby, R.M. / Ellis, B. / Hamatake, R. / Hong, Z. / Johns, B.A. / Kahler, K.M. / Koble, C. / Leivers, A. / Leivers, M.R. / Mathis, A. / Peat, A.J. / Pouliot, J.J. / Roberts, C.D. / Samano, V. / Schmidt, R.M. / Smith, G.K. / Spaltenstein, A. / Stewart, E.L. / Thommes, P. / Turner, E.M. / Voitenleitner, C. / Walker, J.T. / Waitt, G. / Weatherhead, J. / Weaver, K. / Williams, S. / Wright, L. / Xiong, Z.Z. / Haigh, D. / Shotwell, J.B.
履歴
登録2013年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Other
改定 1.22013年5月29日Group: Database references
改定 1.32014年3月26日Group: Database references
改定 1.42018年12月12日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCV Polymerase
B: HCV Polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,8636
ポリマ－128,6452
非ポリマー2,2174
水9,872548
1
A: HCV Polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4313
ポリマ－64,3231
非ポリマー1,1092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HCV Polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4313
ポリマ－64,3231
非ポリマー1,1092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.708, 107.451, 126.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a monomer. There are two biological units in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 HCV Polymerase / RNA-directed RNA polymerase / NS5B / p68


分子量: 64322.723 Da / 分子数: 2 / 断片: HCV NS5B,delta 21 BK, genotype 1b, triple mutant / 変異: L47Q,F101Y,K114R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal 6xHis tag / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 株: genotype 1B / 遺伝子: NS5B / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26663, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-1PV / [4-({[5-cyclopropyl-2-(4-fluorophenyl)-3-(methylcarbamoyl)-1-benzofuran-6-yl](methylsulfonyl)amino}methyl)-2-fluorophenyl]boronic acid / GSK5852 / GSK-5852


分子量: 554.370 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H25BF2N2O6S / 詳細: chemically synthesized
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5
詳細: 0.1M citrate pH5.0, 17% PEG4000, 10% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 / 詳細: MULTILAYER MIRRORS
放射モノクロメーター: MULTI-LAYER MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 7 / 数: 439785 / Rsym value: 0.105 / D res high: 2.191 Å / D res low: 126.382 Å / Num. obs: 61392 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.93126.3899.710.0310.0316.6
4.96.9310010.0560.0567.1
44.910010.0470.0477.2
3.46410010.0590.0597.2
3.13.4610010.0840.0847.2
2.833.110010.1260.1267.3
2.622.8310010.190.197.2
2.452.6210010.2620.2627.2
2.312.4510010.3490.3497.2
2.192.3199.910.4960.4967
反射解像度: 2.191→126.382 Å / Num. obs: 61392 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.191→2.31 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.496 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→81.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 14.274 / SU ML: 0.158 / SU R Cruickshank DPI: 0.3787 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2692 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 53131 100 %-
all-50439 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→81.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8389 0 156 548 9093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228827
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9681.98112059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.913314195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.02651121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09922.962341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.149151387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6181562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.21366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.321.55559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0491.52226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.62428958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.91333268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5284.53083
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 203 -
Rwork0.234 3657 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5089-0.12260.54090.2729-0.1261.41520.0919-0.07010.02320.0511-0.0499-0.03870.1399-0.0161-0.0420.0425-0.031-0.01120.04290.01030.026611.81546.06946.952
20.64420.0510.34710.32050.11621.11550.0630.1027-0.0407-0.039-0.02720.06140.07250.0195-0.03570.0180.0181-0.01170.0441-0.00060.0272-11.79146.173-7.716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 564
2X-RAY DIFFRACTION1A601
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 564
4X-RAY DIFFRACTION2B601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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