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- PDB-4lgu: Crystal structure of clAP1 BIR3 bound to T3226692 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lgu
タイトルCrystal structure of clAP1 BIR3 bound to T3226692
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
キーワードLigase/Ligase inhibitor / lAP family / 3 BIR repeats / CARD domain / 1 RING-type zinc finger / Ligase-Ligase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / regulation of cysteine-type endopeptidase activity / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / regulation of cysteine-type endopeptidase activity / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / CD40 receptor complex / XY body / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of protein monoubiquitination / regulation of reactive oxygen species metabolic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / regulation of cell differentiation / non-canonical NF-kappaB signal transduction / necroptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / canonical NF-kappaB signal transduction / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / placenta development / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / ubiquitin binding / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / protein-folding chaperone binding / transferase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of apoptotic process / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / response to hypoxia / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / apoptotic process / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3S,8aR)-N-((R)-chroman-4-yl)-2-((S)-2-cyclohexyl-2-((S)-2-(methylamino)propanamido)acetyl)octahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-3-carboxamide / Chem-1YH / Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dougan, D.R. / Mol, C.D. / Snell, G.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Design, stereoselective synthesis, and biological evaluation of novel tri-cyclic compounds as inhibitor of apoptosis proteins (IAP) antagonists.
著者: Asano, M. / Hashimoto, K. / Saito, B. / Shiokawa, Z. / Sumi, H. / Yabuki, M. / Yoshimatsu, M. / Aoyama, K. / Hamada, T. / Morishita, N. / Dougan, D.R. / Mol, C.D. / Yoshida, S. / Ishikawa, T.
履歴
登録2013年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7726
ポリマ－26,5902
非ポリマー1,1824
水3,081171
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8863
ポリマ－13,2951
非ポリマー5912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8863
ポリマ－13,2951
非ポリマー5912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.103, 68.052, 122.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / IAP-2 / hIAP-2 / hIAP2 / RING finger ...C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / IAP-2 / hIAP-2 / hIAP2 / RING finger protein 48 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2


分子量: 13294.829 Da / 分子数: 2 / 断片: Bir3: unp residues 239-331 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: API1, BIRC2, IAP2, MIHB, RNF48 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BI21 DE3
参照: UniProt: Q13490, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-1YH / (3S,8aR)-N-((R)-chroman-4-yl)-2-((S)-2-cyclohexyl-2-((S)-2-(methylamino)propanamido)acetyl)octahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-3-carboxamide / (3S,8aβ)-N-[(4R)-3,4-ジヒドロ-2H-1-ベンゾピラン-4-イル]-2-[(S)-2-[[(2S)(以下略)


タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド
クラス: Antagonist受容体拮抗薬 / 分子量: 525.683 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H43N5O4
参照: (3S,8aR)-N-((R)-chroman-4-yl)-2-((S)-2-cyclohexyl-2-((S)-2-(methylamino)propanamido)acetyl)octahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-3-carboxamide
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3.0M NaCl,100mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 18333 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.034.30.5211100
2.03-2.074.40.4731100
2.07-2.114.50.4361100
2.11-2.154.50.36199.9
2.15-2.24.60.331100
2.2-2.254.60.2571100
2.25-2.314.60.2391100
2.31-2.374.70.1971100
2.37-2.444.70.177199.9
2.44-2.524.60.1651100
2.52-2.614.70.1421100
2.61-2.714.60.1321100
2.71-2.844.60.1031100
2.84-2.994.50.0921100
2.99-3.174.50.081199.7
3.17-3.424.40.0691100
3.42-3.764.20.06199.3
3.76-4.314.20.052199.4
4.31-5.434.10.045199.7
5.43-503.90.049199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.105 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1402 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21392 932 5.1 %RANDOM
Rwork0.16584 ---
obs0.1682 17294 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.023 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20 Å2
2---1.5 Å20 Å2
3---2.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1508 0 78 171 1757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.9722232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2175184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.56822.85784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.63915248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9271514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.995→2.046 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 65 -
Rwork0.187 1134 -
obs--90.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6185-0.0867-0.12563.3514-2.09073.5857-0.0481-0.2653-0.3410.0202-0.1019-0.1473-0.11650.11240.14990.0188-0.0144-0.01320.0950.07790.080213.6349-6.4693-12.2594
22.34511.17731.59783.65922.39793.7049-0.20360.02380.2171-0.2671-0.01250.1283-0.1663-0.06390.21610.05930.0027-0.04250.0078-0.00640.04240.752-15.4327-34.9685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A257 - 346
2X-RAY DIFFRACTION2B253 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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