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- PDB-4lgr: Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lgr
タイトルRicin A chain bound to camelid nanobody (VHH3)
要素
  • Camelid nanobody (VHH3)
  • Ricinリシン (毒物)
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Ribosome inhibiting protein 2 / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RRNA-N-グリコシラーゼ / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / イレギュラー / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / リシン (毒物)
類似検索 - 構成要素
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Cheung, J. / Franklin, M. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Mantis, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Ricin Toxin's Enzymatic Subunit (RTA) in Complex with Neutralizing and Non-Neutralizing Single-Chain Antibodies.
著者: Rudolph, M.J. / Vance, D.J. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Burshteyn, F. / Cassidy, M.S. / Gary, E.N. / Herrera, C. / Shoemaker, C.B. / Mantis, N.J.
履歴
登録2013年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 1.32014年8月20日Group: Database references
改定 1.42017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.52017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin
B: Camelid nanobody (VHH3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,40117
ポリマ－41,6772
非ポリマー72415
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area17090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.345, 77.423, 121.805
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ricin / リシン (毒物) / Ricin A chain / rRNA N-glycosidase


分子量: 28638.256 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 40-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / プラスミド: pUTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02879, RRNA-N-グリコシラーゼ
#2: 抗体 Camelid nanobody (VHH3)


分子量: 13038.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta

-
非ポリマー , 5種, 271分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM NaAcetate, 200 mM Zinc Acetate, 10% PEG 3000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 70517 / Num. obs: 66357 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.649 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.682.60.51621810.756163.6
1.68-1.7130.53625440.776172.9
1.71-1.743.60.60527740.798179.9
1.74-1.784.30.63429460.793184.7
1.78-1.825.10.60130980.814188.9
1.82-1.865.80.57633770.846195.8
1.86-1.96.40.46634300.909198.8
1.9-1.966.90.38134720.967199.7
1.96-2.017.20.30434971.072199.7
2.01-2.087.30.25534821.189199.8
2.08-2.157.30.21435151.239199.8
2.15-2.247.30.16735001.4199.9
2.24-2.347.30.14235411.552199.9
2.34-2.467.30.12734941.71199.8
2.46-2.627.20.10135261.802199.9
2.62-2.827.10.08835522.157199.8
2.82-3.116.90.07635492.618199.8
3.11-3.556.70.0635732.916199.7
3.55-4.486.40.04736092.89199.7
4.48-506.40.04536972.954197.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 30.61 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å43.22 Å
Translation2.5 Å43.22 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→43.22 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.864 / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2042 2736 5.07 %RANDOM
Rwork0.1795 ---
obs0.1808 53968 99.04 %-
all-54491 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.131 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 93.37 Å2 / Biso mean: 30.5012 Å2 / Biso min: 10.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9556 Å2-0 Å20 Å2
2---8.2229 Å20 Å2
3---13.1785 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→43.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2924 0 27 256 3207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9794110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6611092
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.8310.2821250.25362323244892
1.831-1.86430.25931320.2372470260297
1.8643-1.90020.27591360.20562527266399
1.9002-1.9390.20831330.18912534266799
1.939-1.98110.21641530.165225552708100
1.9811-2.02720.2181450.173325132658100
2.0272-2.07790.22231420.174425332675100
2.0779-2.13410.24171300.178125842714100
2.1341-2.19690.19291300.16825722702100
2.1969-2.26780.18141430.169625722715100
2.2678-2.34890.21281020.169726052707100
2.3489-2.44290.19631440.176925412685100
2.4429-2.55410.19681480.176725692717100
2.5541-2.68870.18751120.180426032715100
2.6887-2.85710.20291400.188325812721100
2.8571-3.07770.22741470.195226172764100
3.0777-3.38730.20021500.18225852735100
3.3873-3.87720.17561370.174826112748100
3.8772-4.88370.16711430.147526402783100
4.8837-43.23260.24191440.2012697284197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88290.34810.08524.05810.47020.9293-0.0148-0.34120.14280.6653-0.070.607-0.0112-0.11690.07110.20760.01760.08220.214-0.01840.1918-10.18980.257636.5015
22.97791.4682-1.14775.27261.56473.3601-0.0618-0.07560.17250.03080.036-0.1782-0.1260.10880.02880.09230.01-0.01520.1314-0.00960.09561.10.061524.7287
34.9333-0.354-0.34292.1452-0.04611.8978-0.00640.2988-0.1625-0.2488-0.05270.20760.0985-0.07750.04090.1581-0.0045-0.01560.1161-0.02630.0898-7.3143-9.223717.0049
43.4992-1.4903-0.37065.02411.53152.08060.02880.00990.1919-0.0685-0.1770.8306-0.1229-0.43360.13280.1340.01210.02160.2352-0.02210.3321-24.42710.199426.9092
51.3718-0.2783-1.24112.01161.62653.43350.19990.13110.1667-0.81860.0141-0.9878-0.0065-0.0468-0.17250.26370.01510.07130.3415-0.06540.222315.6473-22.618-2.4885
62.67631.1574-2.96764.85531.45925.12880.23720.27610.6179-0.870.5423-1.1644-0.65370.3281-0.67920.2307-0.04320.09430.3009-0.00040.318616.0727-10.76222.3868
79.20943.8802-1.43657.28465.01625.84220.27120.0373-0.1533-0.1188-0.53640.4806-0.2124-0.3290.2790.20280.03630.0280.2067-0.0150.13377.4837-16.87014.6117
88.90176.60697.25542.03268.0699.6371-0.06150.1842-0.12510.0194-0.36750.69270.1338-0.54520.29410.2730.00580.0130.3187-0.06380.3654.0087-20.53014.8216
97.0816-1.66581.65557.04492.55056.561-0.1955-0.5571-0.30230.584-0.0370.4061.05230.02270.23650.3140.01310.09440.25830.02510.137110.6988-17.807914.3726
107.67960.97691.0449.51341.17326.66590.1289-0.34850.4981-0.08790.1747-0.820.210.7487-0.23570.1730.04110.06190.2938-0.04660.249417.7903-16.24296.9851
113.7128-4.0337-0.63587.89694.93255.37870.05310.046-0.34430.294-0.15380.30590.3060.09540.07130.1655-0.02790.07690.2327-0.01540.171510.0183-23.87382.7812
126.4229-1.8608-2.78258.27717.37466.78330.19320.83180.51-1.2881-0.3575-0.2962-1.19650.08420.18210.30360.01310.03130.21470.06240.17283.5121-0.96247.0462
137.0275-1.02861.1072.00468.05339.14540.38930.8104-0.0222-1.5912-0.361-0.0318-0.7438-0.2528-0.03520.45490.05650.03270.3180.02440.18276.5145-11.0218-2.2196
142.7991-0.33691.1742.0821-1.38132.0456-0.04530.1742-0.41530.4594-0.10330.37520.7394-0.13810.11530.412-0.0190.14270.4125-0.07640.239612.2941-35.1879-5.8992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 5:56)A5 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 57:122)A57 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 123:174)A123 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 175:259)A175 - 259
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 2:17)B2 - 17
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 18:32)B18 - 32
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 33:39)B33 - 39
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 40:52)B40 - 52
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 53:63)B53 - 63
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 64:82)B64 - 82
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 83:98)B83 - 98
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 99:106)B99 - 106
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 107:112)B107 - 112
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESSEQ 113:123)B113 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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