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- PDB-4ldn: Crystal structure of a putative purine nucleoside phosphorylase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ldn
タイトルCrystal structure of a putative purine nucleoside phosphorylase from Vibrio fischeri ES114 (Target NYSGRC-029521)
要素Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural genomics (構造ゲノミクス) / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio fischeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a putative purine nucleoside phosphorylase from Vibrio fischeri ES114 (Target NYSGRC-029521)
著者: Sampathkumar, P. / Ahmed, M. / Attonito, J. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Eromenok, G. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Himmel, D.M. / Hillerich, B. / ...著者: Sampathkumar, P. / Ahmed, M. / Attonito, J. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Eromenok, G. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Himmel, D.M. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, J. / Love, J.D. / Stead, M. / Seidel, R. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S.S. / Wasserman, S.R. / Suarez, J. / Schramm, V.L. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2428
ポリマ－29,7421
非ポリマー5007
水2,954164
1
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,45248
ポリマ－178,4506
非ポリマー3,00242
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area28020 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area51840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.115, 163.115, 45.339
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

EDO

21A-432-

HOH

31A-457-

HOH

41A-477-

HOH

51A-533-

HOH

詳細probable hexamer

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要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP


分子量: 29741.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio fischeri (バクテリア) / 株: ES114 / 遺伝子: deoD3, VF_A0968 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q5DYV8, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: Protein (20mM HEPES pH7.5, 150mM NaCl, 5% glycerol, and 5mM DTT), Reservoir (MCSG2 #05 - 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M CAPS:NaOH pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4), Cryoprotection (33% ...詳細: Protein (20mM HEPES pH7.5, 150mM NaCl, 5% glycerol, and 5mM DTT), Reservoir (MCSG2 #05 - 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M CAPS:NaOH pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4), Cryoprotection (33% Ethylene glycol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→40 Å / Num. obs: 37977 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1837 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXC位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.48→30.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.41 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 1896 5 %RANDOM
Rwork0.1624 ---
obs0.1636 37970 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.62 Å2 / Biso mean: 18.3874 Å2 / Biso min: 7.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0.62 Å2-0 Å2
2---0.62 Å2-0 Å2
3---2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→30.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1901 0 30 164 2095
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192037
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.9852765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76834535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0045266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.11824.36294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39715322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0661512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2511.574999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2481.57998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1192.3541253
LS精密化 シェル解像度: 1.483→1.521 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 144 -
Rwork0.256 2607 -
all-2751 -
obs-2607 97.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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