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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l9p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Aspergillus fumigatus protein farnesyltransferase complexed with the FII analog, FPT-II, and the KCVVM peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Ternary complex with isoprenoid and CAAX peptide substrate / CAAX farnesyltransferase / Isoprenoid and CAAX protein/peptide substrate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptide pheromone maturation / プレニル化 / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Mabanglo, M.F. / Hast, M.A. / Beese, L.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014 タイトル: Crystal structures of the fungal pathogen Aspergillus fumigatus protein farnesyltransferase complexed with substrates and inhibitors reveal features for antifungal drug design. 著者: Mabanglo, M.F. / Hast, M.A. / Lubock, N.B. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4l9p.cif.gz | 372.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4l9p.ent.gz | 297.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4l9p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-CaaX farnesyltransferase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 42391.461 Da / 分子数: 1 / 変異: N146S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) 株: Af293 / 遺伝子: AFUA_4G07800 / プラスミド: pCDF-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: Q4WP27, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - |
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#2: タンパク質 | 分子量: 56635.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) 株: Af293 / 遺伝子: AFUA_4G10330 / プラスミド: pCDF-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q4WPS9, protein farnesyltransferase |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 579.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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-非ポリマー , 5種, 792分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 化合物 | ChemComp-FII / [( | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4-10% PEG6000, 600-800 mM LiCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 156214 / Num. obs: 154808 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 36 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 82.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: > Homology model of A. fumigatus farnesyltransferase generated using PHYRE 解像度: 1.45→22.421 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 13.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→22.421 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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