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Yorodumi- PDB-3ss6: Crystal structure of the Bacillus anthracis acetyl-CoA acetyltran... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ss6 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Bacillus anthracis acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
Components | Acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Alpha Beta / 3-Layer(aba)Sandwich / acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of the Bacillus anthracis acetyl-CoA acetyltransferase Authors: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ss6.cif.gz | 322.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ss6.ent.gz | 272.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ss6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3ss6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3ss6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42281.125 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Ames Ancestor / Gene: BAS3932, BA_4240, GBAA_4240 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / References: UniProt: Q81MK7, UniProt: A0A6H3AND8*PLUS #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: hanging drop / pH: 7 Details: 2.5M Ammonium Sulfate, 100mM Bis-Tris Propane, pH 7, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2011 / Details: beryllium lens |
Radiation | Monochromator: C(111) diamond laue monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 107991 / Num. obs: 107775 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 3.4 / Redundancy: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 27.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 10649 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→34.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9034 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.84 / σ(I): 3.4 / Phase error: 16.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.093 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.88 Å2 / Biso mean: 25.52 Å2 / Biso min: 9.08 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→34.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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