PDB-4kto: Crystal Structure Of a Putative Isovaleryl-CoA dehydrogenase (PSI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kto

タイトル

Crystal Structure Of a Putative Isovaleryl-CoA dehydrogenase (PSI-NYSGRC-012251) from Sinorhizobium meliloti 1021

要素

isovaleryl-CoA dehydrogenase

イソバレリルCoAデヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

isovaleryl-coA (イソバレリルCoA) /

dehydrogenase (脱水素酵素) /

Protein structure initiative / NYSGRC /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

機能・相同性

機能・相同性情報

イソバレリルCoAデヒドロゲナーゼ /

acyl-CoA dehydrogenase activity /

flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.137 Å

データ登録者

Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Attonito, J. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a Putative Isovaleryl-CoA dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Kumar, P.R. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kto.cif.gz	587.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kto.ent.gz	489.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kto.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kto ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kto	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ivhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1jqi-1 2vig-1 3mpj-2 1ivh-d 3mdd-1 1udy-d 3mde-1 1ukw-2 2vig-2 2eba-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-012251

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: isovaleryl-CoA dehydrogenase

B: isovaleryl-CoA dehydrogenase

C: isovaleryl-CoA dehydrogenase

D: isovaleryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

182 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.912, 115.158, 143.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a Tetramer

#1: タンパク質	isovaleryl-CoA dehydrogenase / イソバレリルCoAデヒドロゲナーゼ分子量: 44747.242 Da / 分子数: 4 / 変異: V154D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: ivdH, SM_b21121 / プラスミド: pSGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q92VK1, イソバレリルCoAデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5mM DTT); Reservoir (0.17M Sodium Acetate, 0.085M Tris, 25.5% PEG4000, 15% (v/v) Glycerol)pH 8.5 - MCSG1 #20); Cryoprotection ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5mM DTT); Reservoir (0.17M Sodium Acetate, 0.085M Tris, 25.5% PEG4000, 15% (v/v) Glycerol)pH 8.5 - MCSG1 #20); Cryoprotection (Paratone-N), Sitting Drop, Vapor Diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.76 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5mM DTT); Reservoir (0.17M Sodium Acetate, 0.085M Tris, 25.5% PEG4000, 15% (v/v) Glycerol)pH 8.5 - MCSG1 #20); Cryoprotection ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月18日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.137→50 Å / Num. all: 81914 / Num. obs: 79333 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 18.09

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
2.15-2.19	5.2	1	96.4
2.19-2.23	5.3	1	96	0.884
2.23-2.27	5.4	1	95.7	0.751
2.27-2.32	5.5	1	95.8	0.701
2.32-2.37	5.6	1	96	0.607
2.37-2.42	5.8	1	95.9	0.53
2.42-2.48	5.9	1	96.3	0.447
2.48-2.55	6	1	96.3	0.404
2.55-2.62	6.2	1	96.4	0.358
2.62-2.71	6.4	1	96.2	0.311
2.71-2.81	6.5	1	96.4	0.262
2.81-2.92	6.6	1	96.1	0.222
2.92-3.05	6.6	1	96.6	0.197
3.05-3.21	6.6	1	96.2	0.164
3.21-3.41	6.4	1	96.4	0.138
3.41-3.68	6.2	1	97	0.112
3.68-4.05	6.1	1	99.1	0.09
4.05-4.63	6.7	1	99.8	0.071
4.63-5.83	7.3	1	100	0.068
5.83-50	6.8	1	98.5	0.06

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-3000		データ削減
PHENIX	1.8.2_1309	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1IVH

1ivh

解像度: 2.137→31.776 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	3972	5.02 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.1776	79155	95.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.4151 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.137→31.776 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11229	0	236	566	12031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11654
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.198	15743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.743	4293
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	1723
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1369-2.163	0.3038	72	0.2487	1421	X-RAY DIFFRACTION	51
2.163-2.1903	0.3666	144	0.233	2656	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1903-2.2192	0.2676	145	0.2272	2681	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2192-2.2496	0.2785	152	0.2143	2665	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2496-2.2817	0.2524	128	0.2158	2662	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2817-2.3157	0.2829	155	0.2042	2659	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3157-2.3519	0.2929	170	0.2078	2649	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3519-2.3904	0.2731	121	0.1945	2688	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3904-2.4317	0.2602	132	0.189	2705	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4317-2.4759	0.2358	140	0.1758	2670	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4759-2.5235	0.2536	160	0.1844	2686	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5235-2.5749	0.2726	141	0.1824	2692	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5749-2.6309	0.2691	134	0.175	2691	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6309-2.6921	0.2535	140	0.1714	2702	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6921-2.7594	0.234	133	0.1651	2706	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7594-2.8339	0.2074	149	0.1627	2702	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8339-2.9173	0.2303	116	0.1613	2749	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9173-3.0114	0.2088	153	0.1738	2686	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0114-3.1189	0.2304	138	0.1682	2714	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1189-3.2436	0.1845	154	0.1693	2703	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2436-3.3911	0.2262	143	0.1666	2730	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3911-3.5697	0.2367	148	0.1597	2719	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5697-3.793	0.2042	139	0.1544	2795	X-RAY DIFFRACTION	98
3.793-4.0853	0.1803	143	0.1475	2838	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0853-4.4954	0.1971	147	0.1487	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4954-5.1435	0.1911	156	0.1572	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1435-6.4713	0.2197	163	0.1988	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4713-31.78	0.233	156	0.2023	3004	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7528	-0.314	-0.2886	2.2043	1.3501	2.1123	0.0096	0.037	-0.6918	0.1004	0.0157	0.1211	0.828	-0.0619	-0.0305	0.3402	0.01	-0.0556	0.201	0.0294	0.291	86.5534	41.9289	107.3288
2	2.2174	1.276	-0.0439	2.7739	-0.2805	1.2929	-0.0145	-0.132	0.2192	0.1202	-0.0176	0.0946	-0.1161	0.0459	0.0231	0.1838	0.0163	-0.0589	0.2236	0	0.1439	92.0823	65.3542	114.0754
3	4.4976	2.6019	0.2744	3.3186	0.4005	0.8739	-0.0094	-0.1417	0.2953	0.0652	-0.0644	0.0259	-0.062	0.0262	0.0709	0.2258	0.0431	-0.062	0.15	0.0438	0.1002	85.4196	65.4331	111.6327
4	2.2733	-0.487	-0.965	0.9372	-0.0679	2.2149	-0.1106	0.0031	-0.1596	-0.1283	0.0371	0.0889	0.136	-0.0152	0.027	0.1833	0.0007	-0.0459	0.1624	-0.0019	0.15	73.7663	54.486	100.5477
5	3.4116	-0.1272	3.1347	2.1506	1.1762	6.3114	-0.004	0.1809	0.4658	0.0033	-0.0432	-0.1785	-0.166	0.7069	0.1126	0.1466	-0.0332	0.0269	0.3382	-0.004	0.2313	91.2109	52.3292	76.1846
6	1.2041	0.0343	0.002	3.6786	-0.0788	1.5483	0.0258	0.0986	-0.279	-0.0642	-0.0744	0.2696	0.361	0.0976	0.0446	0.275	0.0748	0.0168	0.2258	-0.0402	0.2226	76.6644	33.3184	69.0243
7	1.1587	-0.2383	0.4071	5.4862	1.3888	1.735	-0.0719	0.1075	-0.3061	0.1035	0.0384	0.2612	0.2662	0.0529	0.0407	0.1908	0.0087	0.0813	0.2287	-0.0231	0.1957	72.3328	38.3125	71.5921
8	1.156	-0.5966	0.3045	0.3756	-0.0975	1.6557	-0.0201	0.1051	0.0338	-0.0314	-0.032	-0.0216	0.0483	0.0614	0.0674	0.2075	0.0166	-0.0204	0.2042	-0.0204	0.1683	73.1265	52.4664	83.7876
9	3.1145	-0.8814	0.7384	1.6251	-0.7674	7.9695	-0.1356	0.0709	0.6219	-0.0013	-0.0364	-0.1053	-0.6997	-0.3324	0.1587	0.2697	0.111	0.0143	0.1837	0.0293	0.2656	43.8363	78.0072	106.0925
10	2.7533	1.0762	-0.57	2.5553	-0.9961	2.2104	-0.0676	-0.0653	-0.297	0.046	0.1772	0.2086	0.2471	-0.4507	-0.0799	0.1946	-0.0089	0.0164	0.3306	0.0336	0.2385	39.9397	56.311	118.1583
11	3.3435	1.2522	-1.4903	2.5629	-1.873	2.2936	-0.1412	0.0274	-0.3724	-0.1194	0.1077	0.1596	0.2337	-0.367	0.0054	0.2557	-0.0249	0.0184	0.2195	-0.0334	0.2021	45.9884	55.7977	115.2253
12	2.7038	0.1966	0.7284	0.4771	0.0689	2.2635	-0.0823	0.1208	-0.0463	-0.1298	0.0013	0.0473	0.0402	-0.1695	0.0746	0.191	0.0173	0.0178	0.2063	-0.0105	0.1448	54.3979	62.4952	100.2731
13	0.8477	-1.4817	0.3509	2.9948	-1.6796	6.6922	-0.005	0.0579	-0.4535	-0.0733	-0.1006	0.5048	0.2465	-0.6274	0.093	0.2269	-0.0345	-0.0572	0.4956	-0.068	0.287	36.1278	62.2022	77.9407
14	2.1039	0.1663	-0.352	2.2787	-0.2779	2.2626	0.0726	0.2455	0.3187	-0.1275	0.0048	0.0105	-0.5485	-0.3597	-0.0407	0.3564	0.1713	-0.0282	0.3279	0.0382	0.2115	49.6428	79.2822	66.0579
15	1.3048	-0.0623	-0.3642	4.0611	-1.1853	2.2675	-0.0057	0.1481	0.191	0.0394	-0.0859	-0.1065	-0.5006	-0.3324	0.0486	0.2514	0.0849	-0.0971	0.2783	-0.024	0.1946	54.3644	74.9371	69.263
16	2.282	-0.9054	-0.7498	1.2187	0.7993	3.2328	0.0392	-0.0191	-0.17	0.0279	-0.0985	0.1134	0.1523	-0.1603	0.0352	0.184	0.0229	-0.0356	0.2183	0.0247	0.1352	54.5456	61.1144	83.3574

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 192 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 193 through 272 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 273 through 387 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 27 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 28 through 192 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 193 through 272 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 273 through 387 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 27 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 28 through 192 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 193 through 272 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 273 through 387 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1 through 27 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 28 through 192 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 193 through 272 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 273 through 387 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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