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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kef | ||||||
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タイトル | Structure of Cofilin Mutant (cof1-159p) | ||||||
要素 | Cofilinコフィリン | ||||||
キーワード | Actin Binding Protein / Actin Depolymerization Factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin cortical patch / Golgi to plasma membrane protein transport / actin filament severing / actin filament depolymerization / actin filament organization / nuclear matrix / エンドサイトーシス / actin filament binding / マイクロフィラメント / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.098 Å | ||||||
データ登録者 | Kish-Trier, E. / Haarer, B. / Cingolani, G. / Amberg, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of Cofilin Mutant (cof1-159p) 著者: Kish-Trier, E. / Haarer, B. / Cingolani, G. / Amberg, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kef.cif.gz | 96 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kef.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kef.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4kef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4kef | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15831.506 Da / 分子数: 1 / 変異: K82D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: COF1, YLL050C, L0596 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03048 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG4000, 150mM NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.098→30 Å / Num. obs: 49213 / % possible obs: 99.77 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 10.45 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 2.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.098→1.14 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 205008 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 98.99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.098→28.697 Å / WRfactor Rfree: 0.1443 / WRfactor Rwork: 0.1265 / SU ML: 0.09 / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.098→28.697 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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