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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jlk | ||||||
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タイトル | Human dCK C4S-S74E mutant in complex with UDP and the F2.2.1 inhibitoR (2-[({2-[3-(2-FLUOROETHOXY)-4-METHOXYPHENYL]-5-METHYL-1,3-THIAZOL-4-YL}METHYL)SULFANYL]PYRIMIDINE-4,6-DIAMINE) | ||||||
要素 | Deoxycytidine kinase | ||||||
キーワード | transferase/transferase inhibitor / phosphoryl transfer / phosphorylation (リン酸化) / kinase (キナーゼ) / transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / リン酸化 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å | ||||||
データ登録者 | Nomme, J. / Lavie, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: Development of new deoxycytidine kinase inhibitors and noninvasive in vivo evaluation using positron emission tomography. 著者: Murphy, J.M. / Armijo, A.L. / Nomme, J. / Lee, C.H. / Smith, Q.A. / Li, Z. / Campbell, D.O. / Liao, H.I. / Nathanson, D.A. / Austin, W.R. / Lee, J.T. / Darvish, R. / Wei, L. / Wang, J. / Su, ...著者: Murphy, J.M. / Armijo, A.L. / Nomme, J. / Lee, C.H. / Smith, Q.A. / Li, Z. / Campbell, D.O. / Liao, H.I. / Nathanson, D.A. / Austin, W.R. / Lee, J.T. / Darvish, R. / Wei, L. / Wang, J. / Su, Y. / Damoiseaux, R. / Sadeghi, S. / Phelps, M.E. / Herschman, H.R. / Czernin, J. / Alexandrova, A.N. / Jung, M.E. / Lavie, A. / Radu, C.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jlk.cif.gz | 118.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jlk.ent.gz | 91.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jlk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jlk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32701.627 Da / 分子数: 2 / 変異: C9S, C45S, C59S, S74E, C146S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 C41 / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-1NO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.9-1.5 M trisodium citrate dehydrate, 25 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月2日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.89→30 Å / Num. all: 44054 / Num. obs: 44054 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.89→2.01 Å / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→29.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.836 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.643 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→29.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.893→1.942 Å / Total num. of bins used: 20
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