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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qro | ||||||
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タイトル | Human Deoxycytidine kinase dAMP, UDP, Mg ion product complex | ||||||
要素 | Deoxycytidine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / deoxycytidine kinase / deoxyadenosine monophosphate (デオキシアデノシン一リン酸) / uridine diphosphate (ウリジン二リン酸) / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphorylation (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / リン酸化 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å | ||||||
データ登録者 | Ealick, S.E. / Soriano, E.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007 タイトル: Structures of human deoxycytidine kinase product complexes. 著者: Soriano, E.V. / Clark, V.C. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qro.cif.gz | 187.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qro.ent.gz | 151.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qro | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32723.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-UDP / #4: 化合物 | ChemComp-D5M / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 16-17% ethanol, 8% glycerol, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.45→38.6 Å / Num. all: 18290 / Num. obs: 17685 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.67 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.446 / % possible all: 89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1P60.pdb 解像度: 3.45→38.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 35411.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.7 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.45→38.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.45→3.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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