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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jbo | ||||||
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タイトル | Novel Aurora kinase inhibitors reveal mechanisms of HURP in nucleation of centrosomal and kinetochore microtubules | ||||||
要素 | Aurora kinase AオーロラAキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Aurora Kinase inhibitors / HURP / mitotic spindle (紡錘体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / spindle microtubule / 紡錘体 / 動原体 / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.493 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, J.S. / Leou, J.S. / Peng, Y.H. / Hsueh, C.C. / Hsieh, H.P. / Wu, S.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Aurora kinase inhibitors reveal mechanisms of HURP in nucleation of centrosomal and kinetochore microtubules. 著者: Wu, J.M. / Chen, C.T. / Coumar, M.S. / Lin, W.H. / Chen, Z.J. / Hsu, J.T. / Peng, Y.H. / Shiao, H.Y. / Lin, W.H. / Chu, C.Y. / Wu, J.S. / Lin, C.T. / Chen, C.P. / Hsueh, C.C. / Chang, K.Y. / ...著者: Wu, J.M. / Chen, C.T. / Coumar, M.S. / Lin, W.H. / Chen, Z.J. / Hsu, J.T. / Peng, Y.H. / Shiao, H.Y. / Lin, W.H. / Chu, C.Y. / Wu, J.S. / Lin, C.T. / Chen, C.P. / Hsueh, C.C. / Chang, K.Y. / Kao, L.P. / Huang, C.Y. / Chao, Y.S. / Wu, S.Y. / Hsieh, H.P. / Chi, Y.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jbo.cif.gz | 124.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jbo.ent.gz | 97.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jbo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jbo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32359.123 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 123-401 / 変異: T288D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-WPH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 % / Mosaicity: 0.756 ° |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% PEG 400, 0.1M ammonia sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.493→30 Å / Num. obs: 12106 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 13.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.493→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.2354 / WRfactor Rwork: 0.2173 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8043 / SU B: 20.442 / SU ML: 0.221 / SU R Cruickshank DPI: 0.5196 / SU Rfree: 0.2639 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.52 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 121.26 Å2 / Biso mean: 63.8349 Å2 / Biso min: 35.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.493→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.493→2.558 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.571 Å / Origin y: -31.404 Å / Origin z: 7.962 Å
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