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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r21 | ||||||
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タイトル | Design, synthesis, and biological evaluation of pyrazolopyridine-sulfonamides as potent multiple-mitotic kinase (MMK) inhibitors (Part I) | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase 6Serine/threonine-specific protein kinase | ||||||
キーワード | transferase/transferase inhibitor / Kinase domain (キナーゼ) / transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / spindle microtubule / 紡錘体 / 動原体 / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L. / Fan, J. / Chong, J.-H. / Cesena, A. / Tam, B. / Gilson, C. / Boykin, C. / Wang, D. / Marcotte, D. / Le Brazidec, J.-Y. ...Zhang, L. / Fan, J. / Chong, J.-H. / Cesena, A. / Tam, B. / Gilson, C. / Boykin, C. / Wang, D. / Marcotte, D. / Le Brazidec, J.-Y. / Aivazian, D. / Piao, J. / Lundgren, K. / Hong, K. / Vu, K. / Nguyen, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011 タイトル: Design, synthesis, and biological evaluation of pyrazolopyrimidine-sulfonamides as potent multiple-mitotic kinase (MMK) inhibitors (part I). 著者: Zhang, L. / Fan, J. / Chong, J.H. / Cesena, A. / Tam, B.Y. / Gilson, C. / Boykin, C. / Wang, D. / Aivazian, D. / Marcotte, D. / Xiao, G. / Le Brazidec, J.Y. / Piao, J. / Lundgren, K. / Hong, ...著者: Zhang, L. / Fan, J. / Chong, J.H. / Cesena, A. / Tam, B.Y. / Gilson, C. / Boykin, C. / Wang, D. / Aivazian, D. / Marcotte, D. / Xiao, G. / Le Brazidec, J.Y. / Piao, J. / Lundgren, K. / Hong, K. / Vu, K. / Nguyen, K. / Gan, L.S. / Silvian, L. / Ling, L. / Teng, M. / Reff, M. / Takeda, N. / Timple, N. / Wang, Q. / Morena, R. / Khan, S. / Zhao, S. / Li, T. / Lee, W.C. / Taveras, A.G. / Chao, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r21.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r21.ent.gz | 49.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/3r21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/3r21 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31346.939 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 126-391 / 変異: T287D, T288D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIK, ARK1, AURA, AURKA, BTAK, STK15, STK6 / プラスミド: pDEST20 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-D36 / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 10% Peg550 MME, 100mM Tris, 10% ethylene glycol, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月11日 / 詳細: Diamond(111)monochromator |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 7898 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 90.8268 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 40.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.696 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 754 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 2W1C 解像度: 2.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 18.424 / SU ML: 0.323 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 81.871 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.904→2.978 Å / Total num. of bins used: 20
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