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万見
- PDB-4j8m: Aurora A in complex with CD532 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j8m
タイトルAurora A in complex with CD532
要素Aurora kinase AオーロラAキナーゼ
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Aurora A (オーロラAキナーゼ) / type II / kinase inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / spindle microtubule / 紡錘体 / 動原体 / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
オーロラAキナーゼ / オーロラキナーゼ / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...オーロラAキナーゼ / オーロラキナーゼ / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CJ5 / リン酸塩 / オーロラAキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.853 Å
データ登録者Meyerowitz, J.G. / Gustafson, W.C. / Shokat, K.M. / Weiss, W.A.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2014
タイトル: Drugging MYCN through an Allosteric Transition in Aurora Kinase A.
著者: Gustafson, W.C. / Meyerowitz, J.G. / Nekritz, E.A. / Chen, J. / Benes, C. / Charron, E. / Simonds, E.F. / Seeger, R. / Matthay, K.K. / Hertz, N.T. / Eilers, M. / Shokat, K.M. / Weiss, W.A.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aurora kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3397
ポリマ－32,4791
非ポリマー8606
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.175, 92.943, 74.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-605-

HOH

21A-761-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aurora kinase A / オーロラAキナーゼ / Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor- ...Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor-amplified kinase / Serine/threonine-protein kinase 15 / Serine/threonine-protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase aurora-A


分子量: 32479.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AURKA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 6種, 178分子

#2: 化合物 ChemComp-CJ5 / 1-[4-[[4-[(5-cyclopentyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-2-yl]amino]phenyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea


分子量: 522.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25F3N8O
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20 mg/ml Aurora A protein, 1 mM CD532, 20% (w/v) PEG8000, 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0088 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 24605 / Num. obs: 24605 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.85-1.886.60.791198.3
1.88-1.926.60.656197.8
1.92-1.956.60.502198.2
1.95-1.996.70.436198.7
1.99-2.046.60.351198.4
2.04-2.086.60.302198.4
2.08-2.146.60.255198.5
2.14-2.196.60.22198.5
2.19-2.266.60.196198.7
2.26-2.336.60.173199
2.33-2.416.60.154199.1
2.41-2.516.60.143199.3
2.51-2.626.60.13199.4
2.62-2.766.50.125199
2.76-2.946.50.108199.7
2.94-3.166.40.103199.5
3.16-3.486.40.104199.7
3.48-3.986.30.085199.7
3.98-5.0160.084199.5
5.01-306.10.069199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.4 Å29.08 Å
Translation2.4 Å29.08 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.4.0位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.853→29.075 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 20.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 1982 8.15 %
Rwork0.1747 --
obs0.1782 24311 97.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.2172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.853→29.075 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2189 0 56 172 2417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1323107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.746879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8533-1.89960.27871300.22561459X-RAY DIFFRACTION90
1.8996-1.9510.27641380.21521540X-RAY DIFFRACTION96
1.951-2.00840.27161350.20421530X-RAY DIFFRACTION96
2.0084-2.07320.21911410.18961587X-RAY DIFFRACTION97
2.0732-2.14730.24351420.1781585X-RAY DIFFRACTION98
2.1473-2.23320.20791390.17341553X-RAY DIFFRACTION98
2.2332-2.33480.22681410.17671593X-RAY DIFFRACTION98
2.3348-2.45780.22361430.16371593X-RAY DIFFRACTION99
2.4578-2.61170.22961420.17431619X-RAY DIFFRACTION99
2.6117-2.81320.19071410.18151597X-RAY DIFFRACTION99
2.8132-3.09610.24771460.18141652X-RAY DIFFRACTION99
3.0961-3.54340.25171430.1821616X-RAY DIFFRACTION99
3.5434-4.46170.20081480.15381673X-RAY DIFFRACTION100
4.4617-29.07870.17911530.17141732X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.31360.8622.09865.3905-0.27478.41250.08770.183-0.1651-0.2817-0.0445-0.12950.01450.1326-0.03850.12620.02520.04190.1923-0.02830.1618125.8367112.8405153.8498
23.8439-0.05780.80563.22781.51397.27520.07080.65240.2391-0.5578-0.12070.3396-0.0596-0.15580.10360.3212-0.0055-0.06020.21590.05970.2366116.0094115.4024149.7595
32.3161.3329-0.85022.8144-1.81982.2230.0029-0.114-0.0402-0.0314-0.1099-0.0350.00190.0850.11510.14150.0138-0.02840.1929-0.03980.1551111.4772108.4151164.0268
46.60620.1972.47145.3925-0.9927.7894-0.00150.3624-0.4519-0.690.18170.21640.49610.0334-0.1240.2323-0.0358-0.0120.26970.00570.2644109.1949103.2604158.3846
57.3707-2.71013.87034.0612-1.96046.7565-0.0725-0.1845-0.2782-0.2652-0.16220.595-0.749-1.09170.21250.42740.1302-0.05040.4187-0.11570.464794.07797.7316153.7189
62.2719-0.1492-0.00821.2496-0.68386.654-0.040.0709-0.3442-0.0598-0.02490.14940.672-0.09560.08490.1608-0.00220.04160.213-0.02580.319797.896190.6941162.8032
74.9806-0.28761.83883.53410.18644.7974-0.1114-0.2435-0.08870.3638-0.12790.72210.0098-0.37130.21030.18590.0040.12180.2912-0.01330.333192.6106100.7396172.203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 127 through 152 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 187 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 188 through 250 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 251 through 292 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 293 through 307 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 308 through 353 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 354 through 389 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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