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- PDB-4j70: Yeast 20S proteasome in complex with the belactosin derivative 3e -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j70
タイトルYeast 20S proteasome in complex with the belactosin derivative 3e
要素(Proteasome component ...プロテアソーム) x 14
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Proteasome (プロテアソーム) / drug discovery (創薬) / irreversible inhibition (酵素阻害剤) / beta-lactone / Ntn hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / Ub-specific processing proteases ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / Ub-specific processing proteases / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZYL [(2S)-1-({(2R)-1-[(1S,2S)-2-{[(2R,3S,4S)-3-FORMYL-2-HYDROXY-4-METHYLHEXANOYL]AMINO}CYCLOPROPYL]-4-PHENYLBUTAN-2-YL}AMINO)-1-OXOPROPAN-2-YL]CARBAMATE / Chem-1KR / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 ...BENZYL [(2S)-1-({(2R)-1-[(1S,2S)-2-{[(2R,3S,4S)-3-FORMYL-2-HYDROXY-4-METHYLHEXANOYL]AMINO}CYCLOPROPYL]-4-PHENYLBUTAN-2-YL}AMINO)-1-OXOPROPAN-2-YL]CARBAMATE / Chem-1KR / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kawamura, S. / Unno, Y. / List, A. / Tanaka, M. / Sasaki, T. / Arisawa, M. / Asai, A. / Groll, M. / Shuto, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Potent Proteasome Inhibitors Derived from the Unnatural cis-Cyclopropane Isomer of Belactosin A: Synthesis, Biological Activity, and Mode of Action.
著者: Kawamura, S. / Unno, Y. / List, A. / Mizuno, A. / Tanaka, M. / Sasaki, T. / Arisawa, M. / Asai, A. / Groll, M. / Shuto, S.
履歴
登録2013年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome component Y7
B: Proteasome component Y13
C: Proteasome component PRE6
D: Proteasome component PUP2
E: Proteasome component PRE5
F: Proteasome component C1
G: Proteasome component C7-alpha
H: Proteasome component PUP1
I: Proteasome component PUP3
J: Proteasome component C11
K: Proteasome component PRE2
L: Proteasome component C5
M: Proteasome component PRE4
N: Proteasome component PRE3
O: Proteasome component Y7
P: Proteasome component Y13
Q: Proteasome component PRE6
R: Proteasome component PUP2
S: Proteasome component PRE5
T: Proteasome component C1
U: Proteasome component C7-alpha
V: Proteasome component PUP1
W: Proteasome component PUP3
X: Proteasome component C11
Y: Proteasome component PRE2
Z: Proteasome component C5
a: Proteasome component PRE4
b: Proteasome component PRE3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)729,67130
ポリマ－728,54028
非ポリマー1,1312
水24,0681336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area117980 Å2
ΔGint-341 kcal/mol
Surface area218170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.080, 301.710, 146.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21O
12B
22P
13C
23Q
14D
24R
15E
25S
16F
26T
17G
27U
18H
28V
19I
29W
110J
210X
111K
211Y
112L
212Z
113M
213a
114N
214b

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999907, 0.000346, 0.013605), (-0.002602, -0.986107, -0.166092), (0.013358, -0.166112, 0.986016)68.51759, -290.68921, -24.58945

-
要素

-
Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZMaNb

#1: タンパク質 Proteasome component Y7 / プロテアソーム


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome component Y13 / プロテアソーム


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome component PRE6 / プロテアソーム


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome component PUP2 / プロテアソーム


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome component PRE5 / プロテアソーム


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome component C1 / プロテアソーム


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome component C7-alpha / プロテアソーム


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#8: タンパク質 Proteasome component PUP1 / プロテアソーム


分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome component PUP3 / プロテアソーム


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome component C11 / プロテアソーム


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome component PRE2 / プロテアソーム


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome component C5 / プロテアソーム


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome component PRE4 / プロテアソーム


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome component PRE3 / プロテアソーム


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 2種, 1338分子

#15: 化合物 ChemComp-1KR / benzyl [(2S)-1-({(2R)-1-[(1S,2S)-2-{[(2R,3S,4S)-3-formyl-2-hydroxy-4-methylhexanoyl]amino}cyclopropyl]-4-phenylbutan-2-yl}amino)-1-oxopropan-2-yl]carbamate


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 565.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H43N3O6
参照: BENZYL [(2S)-1-({(2R)-1-[(1S,2S)-2-{[(2R,3S,4S)-3-FORMYL-2-HYDROXY-4-METHYLHEXANOYL]AMINO}CYCLOPROPYL]-4-PHENYLBUTAN-2-YL}AMINO)-1-OXOPROPAN-2-YL]CARBAMATE
#16: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 20 mM magnesium acetate, 0.1 M MES, 12% MPD, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月9日
放射モノクロメーター: LN2-cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 266454 / Num. obs: 262724 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.474 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RYP

1ryp


解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 11.723 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.521 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22379 13137 5 %RANDOM
Rwork0.17237 ---
obs0.17491 249586 98.92 %-
all-249586 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.08 Å2-0 Å2-0.67 Å2
2---7.35 Å2-0 Å2
3---2.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49538 0 82 1336 50956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01950538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.96568368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.50756338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17524.4082264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.023158778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.29615288
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.27704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02137994
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1585TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A1637TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A1757TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A1824TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A1512TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A1915TIGHT THERMAL5.670.5
2B1905TIGHT THERMAL4.810.5
3C1891TIGHT THERMAL6.870.5
4D1862TIGHT THERMAL4.530.5
5E1795TIGHT THERMAL4.520.5
6F1897TIGHT THERMAL4.790.5
7G1921TIGHT THERMAL4.260.5
8H1685TIGHT THERMAL3.670.5
9I1581TIGHT THERMAL3.040.5
10J1585TIGHT THERMAL3.50.5
11K1637TIGHT THERMAL30.5
12L1757TIGHT THERMAL3.060.5
13M1824TIGHT THERMAL3.040.5
14N1512TIGHT THERMAL3.040.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 864 -
Rwork0.305 16399 -
obs--91.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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