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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iyi | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a secreted protein EsxB (wild-type, C-term. His-tagged) from Bacillus anthracis str. Sterne | ||||||
要素 | Secreted protein EsxB分泌 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center For Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HP0062-like domain superfamily / HP0062-like domain / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.083 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a secreted protein EsxB (wild-type, C-term. His-tagged) from Bacillus anthracis str. Sterne 著者: Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4iyi.cif.gz | 141.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4iyi.ent.gz | 112.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4iyi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/4iyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/4iyi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4iyhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11057.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: Bacillus anthracis / プラスミド: pMCSG26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81R67, UniProt: A0A6L7HJC4*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 2.0M Ammonium Sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.49 |
反射 | 解像度: 2.08→39 Å / Num. all: 28219 / Num. obs: 28219 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1392 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry: 4IYH 解像度: 2.083→38.605 Å / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 16.27 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.083→38.605 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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