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Yorodumi- PDB-4j10: The crystal structure of a secreted protein ESXB (SeMet-labeled) ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j10 | |||||||||
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Title | The crystal structure of a secreted protein ESXB (SeMet-labeled) from Bacillus anthracis str. Sterne | |||||||||
Components | SECRETED PROTEIN ESXBSecretion | |||||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG | |||||||||
Function / homology | Function and homology information HP0062-like domain superfamily / HP0062-like domain / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | |||||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.44 Å | |||||||||
Authors | Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The Crystal Structure of a Secreted Protein Esxb (Semet-Labeled) from Bacillus Anthracis Str. Sterne Authors: Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4j10.cif.gz | 81.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4j10.ent.gz | 67.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4j10.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/4j10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/4j10 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10466.316 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: STERNE / Gene: BACILLUS ANTHRACIS, BAS2036, BA_2191, GBAA_2191 / Plasmid: PMCSG7 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)MAGIC / References: UniProt: Q81R67, UniProt: A0A6L7HJC4*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 0.1M PHOSPHATE-CITRATE, 40% PEG300, PH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97923 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 1, 2010 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI 111 CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97923 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.44→28.9 Å / Num. all: 30476 / Num. obs: 30476 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 46.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.44→1.46 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1285 / % possible all: 85.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.44→28.81 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.44→28.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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