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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4imn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of wild type human Lipocalin PGDS bound with PEG MME 2000 | ||||||
要素 | Lipocalin-type prostaglandin-D synthase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Beta barrel (Βバレル) / Endoplasmic Reticulum (小胞体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プロスタグランジン-Dシンターゼ / Transcriptional regulation of testis differentiation / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / cyclooxygenase pathway / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation ...プロスタグランジン-Dシンターゼ / Transcriptional regulation of testis differentiation / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / cyclooxygenase pathway / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / 小胞体 / response to glucocorticoid / fatty acid binding / 遺伝子発現 / 核膜 / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Lim, S.M. / Chen, D. / Teo, H. / Roos, A. / Nyman, T. / Tresaugues, L. / Pervushin, K. / Nordlund, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2013 タイトル: Structural and dynamic insights into substrate binding and catalysis of human lipocalin prostaglandin D synthase. 著者: Lim, S.M. / Chen, D. / Teo, H. / Roos, A. / Jansson, A.E. / Nyman, T. / Tresaugues, L. / Pervushin, K. / Nordlund, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4imn.cif.gz | 46.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4imn.ent.gz | 31.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4imn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19748.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDS, PTGDS / プラスミド: pNIC-CH4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta BL21 参照: UniProt: P41222, プロスタグランジン-Dシンターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-1PG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.2 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M potassium thiocyanate, 30% PEG MME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 199 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97622 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月30日 |
放射 | モノクロメーター: LN2-cooled, fixed-exit double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97622 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→23.46 Å / Num. all: 8901 / Num. obs: 8428 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.16 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique all: 824 / % possible all: 94.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2CZT 解像度: 2.09→23.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.316 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.449 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→23.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.092→2.146 Å / Total num. of bins used: 20
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