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- PDB-4if8: Structure Of Vaspin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4if8
タイトルStructure Of Vaspin
要素Serpin A12
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / SERPIN (セルピン) / SERINE PROTEASE INHIBITOR (セルピン) / KALLIKREIN 7 (カリクレイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of triglyceride metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / lipid biosynthetic process / regulation of cholesterol metabolic process / molecular function inhibitor activity / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 糖新生 / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...regulation of triglyceride metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / lipid biosynthetic process / regulation of cholesterol metabolic process / molecular function inhibitor activity / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 糖新生 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / extracellular space / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Kuettner, E.B. / Strater, N. / Heiker, J.T. / Kloting, N. / Kovacs, P. / Schultz, S. / Kern, M. / Stumvoll, M. / Bluher, M. / Beck-Sickinger, A.G.
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2013
タイトル: Vaspin inhibits kallikrein 7 by serpin mechanism
著者: Heiker, J.T. / Kloting, N. / Kovacs, P. / Kuettner, E.B. / Strater, N. / Schultz, S. / Kern, M. / Stumvoll, M. / Bluher, M. / Beck-Sickinger, A.G.
履歴
登録2012年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serpin A12
B: Serpin A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3804
ポリマ－95,1882
非ポリマー1922
水5,603311
1
A: Serpin A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6902
ポリマ－47,5941
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serpin A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6902
ポリマ－47,5941
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.550, 152.100, 61.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serpin A12 / / OL-64 / Visceral adipose tissue-derived serine protease inhibitor / Vaspin / Visceral adipose-specific serpin


分子量: 47593.863 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-414 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA12 / プラスミド: PET-16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSRARE / 参照: UniProt: Q8IW75
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.16 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.1M NA CITRATE, 9% PEG4000, 0.1M Ammonia sulfate, pH 5.1, Vapor Diffusion, Hanging Drop, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月13日
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→29.8 Å / Num. obs: 72713 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 34.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QLP

1qlp


解像度: 2.08→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1069 1.47 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 72713 --
原子変位パラメータBiso mean: 53.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6188 Å20 Å2-0.0595 Å2
2---2.6287 Å20 Å2
3---3.2475 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5925 0 10 311 6246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016085HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.088187HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2219SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes846HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6085HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion786SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7077SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2072 76 1.42 %
Rwork0.2047 5263 -
all0.2047 5339 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7846-4.6112.34445.5596-2.19952.0841-0.15370.13230.0661-0.14640.0394-0.34260.46170.14450.11430.05860.05770.1381-0.0192-0.0304-0.028517.934991.612-3.8011
22.2298-0.07440.06221.1964-0.09372.5222-0.1288-0.2008-0.21650.18670.0314-0.0390.27860.45170.0974-0.01470.12540.0787-0.0710.0226-0.082921.635394.670610.4466
31.5593-0.278-0.51570.6660.4773.5607-0.10390.22010.1373-0.04990.0004-0.01720.05640.24790.1035-0.08430.00140.0455-0.12070.0557-0.094619.9929105.56-8.0727
41.59620.2143-0.80791.151-0.69993.3503-0.05160.08280.05090.0341-0.02750.0094-0.02070.14460.0791-0.06960.02860.0599-0.10630.0021-0.081617.111102.259-2.7977
53.78531.7443-0.5965.1117-3.46212.7849-0.3085-0.23840.58890.55980.0997-0.5476-0.4288-0.05660.20890.0381-0.128-0.0459-0.2687-0.06890.120327.1884147.92610.6424
62.73860.74550.41573.3486-0.17981.2096-0.12920.28040.4061-0.16520.0771-0.2788-0.23450.29030.0522-0.1465-0.0950.0438-0.24950.0390.00120.8499137.912-0.1121
71.61780.55590.39292.64340.3572.5866-0.1262-0.45920.3380.87030.108-0.6989-0.36540.56050.0181-0.0122-0.0562-0.2544-0.1533-0.1463-0.0231.4298137.29322.395
84.60850.44882.1843.91810.70413.1955-0.0112-0.44590.2280.70850.1088-0.4143-0.11530.0792-0.0975-0.1347-0.0629-0.0014-0.3276-0.0389-0.036421.9895138.3313.8221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1A 37 A 70
2X-RAY DIFFRACTION2A 71 A 161
3X-RAY DIFFRACTION3A 162 A 304
4X-RAY DIFFRACTION4A 305 A 414
5X-RAY DIFFRACTION5B 35 B 70
6X-RAY DIFFRACTION6B 71 B 177
7X-RAY DIFFRACTION7B 178 B 309
8X-RAY DIFFRACTION8B 310 B 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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