+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hz1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa azurin with iron(II) at the copper-binding site. | ||||||
要素 | Azurin | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Copper binding site / reductase (還元酵素) / arsenite | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transition metal ion binding / ペリプラズム / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | McLaughlin, M.P. / Retegan, M. / Bill, E. / Payne, T.M. / Shafaat, H.S. / Pea, S. / Sudhamsu, J. / Ensign, A.A. / Crane, B.R. / Neese, F. / Holland, P.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012 タイトル: Azurin as a Protein Scaffold for a Low-coordinate Nonheme Iron Site with a Small-molecule Binding Pocket. 著者: McLaughlin, M.P. / Retegan, M. / Bill, E. / Payne, T.M. / Shafaat, H.S. / Pena, S. / Sudhamsu, J. / Ensign, A.A. / Crane, B.R. / Neese, F. / Holland, P.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hz1.cif.gz | 109.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4hz1.ent.gz | 84.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hz1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hz1 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1azuS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13961.799 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: azu, PA4922 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00282 #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 3.0 - 3.5 M ammonium sulfate, 0.5 M lithium nitrate, 0.1 M sodium acetate pH 5.2-5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K PH範囲: 5.2-5.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.608 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.608 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→43 Å / Num. all: 26498 / Num. obs: 26498 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 10000 / Observed criterion σ(I): 10000 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 13.48 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AZU 解像度: 2.2→43 Å / σ(F): 10000 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43 Å
|