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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hwl | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the Bacteriorhodopsin in Facial Amphiphile-7 DMPC Bicelle | ||||||
要素 | Bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン | ||||||
キーワード | PROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / Facial Amphiphile-7 DMPC Bicelle / Alpha helical 7 Transmembrane Protein / Photoreceptor (光受容体) / Proton Pump (プロトンポンプ) / Retinal Binding (レチナール) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Halobacterium salinarum (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, S. / Stout, C.D. / Zhang, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Steroid-based facial amphiphiles for stabilization and crystallization of membrane proteins. 著者: Lee, S.C. / Bennett, B.C. / Hong, W.X. / Fu, Y. / Baker, K.A. / Marcoux, J. / Robinson, C.V. / Ward, A.B. / Halpert, J.R. / Stevens, R.C. / Stout, C.D. / Yeager, M.J. / Zhang, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hwl.cif.gz | 102 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hwl.ent.gz | 77 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hwl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hwl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 5 - 231 / Label seq-ID: 18 - 244
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28270.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: S9 / 参照: UniProt: P02945 |
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-非ポリマー , 5種, 42分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEX / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 % |
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結晶化 | 温度: 300.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.4 詳細: 3.6M Sodium Phosphate (pH 3.4), 3.5% Triethyleneglycol, 180mM Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日 |
放射 | モノクロメーター: Slide scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.67 Å / Num. all: 35395 / Num. obs: 34192 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 5132 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1KME 解像度: 2→42.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.12 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.373 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→42.08 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 14311 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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