+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hv6 | ||||||
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Title | Structure of MNTR H77A mutant in apo- and mn-bound forms | ||||||
Components | Transcriptional regulator MntR | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / WINGED HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION REGULATOR / METALLOREGULATOR | ||||||
Function / homology | Function and homology information intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis subsp. subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Glasfeld, A. / Grauer-Gray, K. / McGuire, A. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Roles of the A and C sites in the manganese-specific activation of MntR. Authors: McGuire, A.M. / Cuthbert, B.J. / Ma, Z. / Grauer-Gray, K.D. / Brunjes Brophy, M. / Spear, K.A. / Soonsanga, S. / Kliegman, J.I. / Griner, S.L. / Helmann, J.D. / Glasfeld, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hv6.cif.gz | 125.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hv6.ent.gz | 98.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hv6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/4hv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/4hv6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3r60C 3r61C 4hv5C 4hx4C 4hx7C 4hx8C 1on2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16588.865 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: MNTR (unp residues 2-142) / Mutation: H77A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis subsp. subtilis (bacteria) Strain: 168 / Gene: BSU24520, mntR, yqhN / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P54512 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 16% ETHOXYETHANOL,4% ETHYLENE GLYCOL, 90 MM MGCL2, 60 MM TRIS HCL, 1 MM MNSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2007 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→44.8 Å / Num. obs: 12767 / % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 11.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ON2 Resolution: 2.3→44.8 Å / Stereochemistry target values: ML
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→44.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.42 Å /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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