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万見
- PDB-2hyf: The Structure of apo-MntR from Bacillus subtilis, selenomethionin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hyf
タイトルThe Structure of apo-MntR from Bacillus subtilis, selenomethionine derivative
要素Transcriptional regulator mntR
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcription regulator MntR / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element ...HTH-type transcription regulator MntR / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator MntR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Glasfeld, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The conformations of the manganese transport regulator of Bacillus subtilis in its metal-free state.
著者: DeWitt, M.A. / Kliegman, J.I. / Helmann, J.D. / Brennan, R.G. / Farrens, D.L. / Glasfeld, A.
履歴
登録2006年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999 SEQUENCE THE AUTHORS STATE THAT THE UNP SEQUENCE HAS AN ERROR AT RESIDUE 81. THE TRUE RESIDUE IS ... SEQUENCE THE AUTHORS STATE THAT THE UNP SEQUENCE HAS AN ERROR AT RESIDUE 81. THE TRUE RESIDUE IS GLUTAMATE, AS IS FOUND IN THEIR STRUCTURE.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator mntR
B: Transcriptional regulator mntR
C: Transcriptional regulator mntR
D: Transcriptional regulator mntR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,00214
ポリマ－67,8994
非ポリマー1,10310
水39622
1
A: Transcriptional regulator mntR
B: Transcriptional regulator mntR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3346
ポリマ－33,9492
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area14420 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator mntR
D: Transcriptional regulator mntR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6688
ポリマ－33,9492
非ポリマー7196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area15290 Å2
手法PISA
3
D: Transcriptional regulator mntR
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator mntR
B: Transcriptional regulator mntR
C: Transcriptional regulator mntR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,00214
ポリマ－67,8994
非ポリマー1,10310
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area28960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.890, 65.030, 186.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Two copies of the biologically active dimer are present in the asymmetric unit, composed of chains A and B, and chains C and D.

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator mntR / Manganese transport regulator


分子量: 16974.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P54512
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 400, 0.2 M ammonium sulfate, 5 mM cobalt(II) chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9793,0.9796,0.9641
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97961
30.96411
反射解像度: 2.8→64.6 Å / Num. obs: 16290 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 79.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.277 1614 RANDOM
Rwork0.217 --
obs-16208 -
原子変位パラメータBiso mean: 49.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.837 Å20 Å20 Å2
2---0.325 Å20 Å2
3---4.162 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4423 0 60 22 4505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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