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万見
- PDB-4hhe: Quinolinate synthase from Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hhe
タイトルQuinolinate synthase from Pyrococcus furiosus
要素Quinolinate synthase A
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / QUINOLINATE SYNTHASE / NAD BIOSYNTHESIS / NADA / PYRIDINE NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / NAD biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
NadA-like / Quinolinate synthetase A / Quinolinate synthase A, type 2 / Quinolinate synthetase A superfamily / Quinolinate synthetase A protein / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Quinolinate synthase A
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.797 Å
データ登録者Soriano, E.V. / Zhang, Y. / Settembre, E.C. / Colabroy, K. / Sanders, J.M. / Dorrestein, P.C. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Active-site models for complexes of quinolinate synthase with substrates and intermediates.
著者: Soriano, E.V. / Zhang, Y. / Colabroy, K.L. / Sanders, J.M. / Settembre, E.C. / Dorrestein, P.C. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年8月28日ID: 2QS0
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quinolinate synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7023
ポリマ－36,6321
非ポリマー712
水0
1
A: Quinolinate synthase A
ヘテロ分子

A: Quinolinate synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4056
ポリマ－73,2632
非ポリマー1424
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area26590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.915, 80.717, 141.042
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Quinolinate synthase A


分子量: 36631.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8TZL3, quinolinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4.4 M NaCl, 50 mM Tris, 5% ethylene glycol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 8-BM10.9795
シンクロトロンAPS 8-BM20.9792
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年7月14日
ADSC QUANTUM 3152CCD2003年12月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97921
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 11147 / Num. obs: 11147 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 1.769 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.99.10.40511041.5691,2100
2.9-3.029.10.30910871.7011,2100
3.02-3.159.10.24710961.7711,2100
3.15-3.329.10.18711041.8111,2100
3.32-3.5390.15211061.8111,2100
3.53-3.890.12611042.3021,299.9
3.8-4.188.80.09611091.991,2100
4.18-4.798.80.08111281.851,299.8
4.79-6.038.40.0711361.5951,299.8
6.03-508.10.05411731.2561,297.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.797→25.225 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7561 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.82 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2698 531 4.78 %Random
Rwork0.2077 ---
obs0.2107 11117 99.49 %-
all-11147 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.56 Å2 / Biso mean: 39.245 Å2 / Biso min: 1.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.797→25.225 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2281 0 2 0 2283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8473137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.53855
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7971-3.07810.34751330.26782592272599
3.0781-3.52250.31521450.228126022747100
3.5225-4.4340.27291150.18526592774100
4.434-25.2260.2251380.19632733287199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03140.16420.17691.7582-0.31830.78260.4111-0.01820.54420.0781-0.27270.3758-0.1676-0.23210.2382-0.0036-0.0967-0.0484-0.0791-0.1596-0.046234.073511.281139.394
20.76950.15170.11580.59650.05451.1222-0.09820.96360.9871-0.38680.02650.2153-1.66980.7302-0.05550.856-0.1534-0.01770.81820.08340.407447.509112.1210.4054
30.78890.94090.68451.14490.80991.1265-0.23230.03110.3303-0.4277-0.10440.2717-0.5253-0.3294-0.52980.0614-0.09910.07350.00890.01140.41436.790120.296839.8805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:174)A1 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 175:261)A175 - 261
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 262:303)A262 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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