+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hfw | ||||||
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タイトル | Anti Rotavirus Antibody | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Ig fold / Immune Response (免疫応答) / Rotavirus VP6 protein | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.601 Å | ||||||
データ登録者 | Spiller, B.W. / Aiyegbo, M. / Crowe, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Human Rotavirus VP6-Specific Antibodies Mediate Intracellular Neutralization by Binding to a Quaternary Structure in the Transcriptional Pore. 著者: Aiyegbo, M.S. / Sapparapu, G. / Spiller, B.W. / Eli, I.M. / Williams, D.R. / Kim, R. / Lee, D.E. / Liu, T. / Li, S. / Woods, V.L. / Nannemann, D.P. / Meiler, J. / Stewart, P.L. / Crowe, J.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hfw.cif.gz | 336.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hfw.ent.gz | 287.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hfw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23320.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23834.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.98 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 5% v/v 2-Propanol., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→44.6 Å / Num. all: 36041 / Num. obs: 35536 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 35.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2626 / Rsym value: 0.838 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.601→44.58 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.39 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.601→44.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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