+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hfw | ||||||
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Title | Anti Rotavirus Antibody | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Ig fold / Immune Response / Rotavirus VP6 protein | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.601 Å | ||||||
Authors | Spiller, B.W. / Aiyegbo, M. / Crowe, J.E. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013 Title: Human Rotavirus VP6-Specific Antibodies Mediate Intracellular Neutralization by Binding to a Quaternary Structure in the Transcriptional Pore. Authors: Aiyegbo, M.S. / Sapparapu, G. / Spiller, B.W. / Eli, I.M. / Williams, D.R. / Kim, R. / Lee, D.E. / Liu, T. / Li, S. / Woods, V.L. / Nannemann, D.P. / Meiler, J. / Stewart, P.L. / Crowe, J.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hfw.cif.gz | 336.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hfw.ent.gz | 287.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hfw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23320.922 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293F / Organ (production host): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / Production host: HOMO SAPIENS (human) #2: Antibody | Mass: 23834.688 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293F / Organ (production host): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / Production host: HOMO SAPIENS (human) #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 2.0 M Ammonium sulfate, 5% v/v 2-Propanol., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.9785 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 17, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→44.6 Å / Num. all: 36041 / Num. obs: 35536 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 35.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / Redundancy: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2626 / Rsym value: 0.838 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.601→44.58 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.39 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.601→44.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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