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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gfq | ||||||
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タイトル | 2.65 Angstrom Resolution Crystal Structure of Ribosome Recycling Factor (frr) from Bacillus anthracis | ||||||
要素 | Ribosome-recycling factor | ||||||
キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: 2.65 Angstrom Resolution Crystal Structure of Ribosome Recycling Factor (frr) from Bacillus anthracis 著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gfq.cif.gz | 90.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gfq.ent.gz | 69.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gfq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/4gfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/4gfq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ek8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23455.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS3675, BA_3962, frr, GBAA_3962 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q81WL1 |
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-非ポリマー , 5種, 32分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein: 7.4 mg/mL in 0.25 M sodium cloride, 0.01 M Tris-HCl, pH 8.3, screen: Classics II (H3), 0.24 M sodium malonate, pH 7.0, 20% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07806 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07806 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→30 Å / Num. all: 8662 / Num. obs: 8662 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 87.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 430 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EK8 解像度: 2.65→28.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 26.974 / SU ML: 0.249 Isotropic thermal model: THERMAL FACTORS INDIVIDUALLY REFINED 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.563 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.329 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→28.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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