PDB-4fu6: Crystal structure of the PSIP1 PWWP domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fu6

タイトル

Crystal structure of the PSIP1 PWWP domain

要素

PC4 and SFRS1-interacting protein

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition /

ヘテロクロマチン ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Qin, S. / Tempel, W. / Xu, C. / Wu, H. / Dong, A. / Cerovina, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 2014
タイトル: Structure and function of the nucleosome-binding PWWP domain.
著者: Qin, S. / Min, J.

履歴

登録	2012年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2021年8月4日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fu6.cif.gz	56.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fu6.ent.gz	39.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fu6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/4fu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/4fu6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qbyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2v87-1 2k0x-d 2q79-d 5io9-2 6y24-d 2l1s-d 6p5h-2 2ccq-d 4a76-2 3r9l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (6) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (6) #6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (6) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (6)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (6)
#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (6)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (4)

登録構造単位

A: PC4 and SFRS1-interacting protein

ヘテロ分子

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.960, 45.960, 156.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- HOH
2	1	A-303- HOH

#1: タンパク質	PC4 and SFRS1-interacting protein / CLL-associated antigen KW-7 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / Lens epithelium-derived ...CLL-associated antigen KW-7 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52 分子量: 17518.379 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-135 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75475
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	CALCULATED VALUES FOR MATTHEWS COEFFICIENT AND SOLVENT CONTENT(2.35/47.77) ARE BASED ON THE ENTIRE ...CALCULATED VALUES FOR MATTHEWS COEFFICIENT AND SOLVENT CONTENT(2.35/47.77) ARE BASED ON THE ENTIRE SEQUENCE OF THE CONSTRUCT. AUTHOR STATES THAT THE ACTUAL SEQUENCE MAY BE SHORTER DUE TO PROTEOLYTIC ACTIVITY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: The protein sample was treated with V8 protease. 2.5M ammonium sulfate, 0.1M TRIS, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97944 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97944 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 10584 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.763 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	11.4	0.981	482	1.241	1	100
2.14-2.18	12	0.843	532	1.25	1	100
2.18-2.22	12.9	0.815	495	1.328	1	100
2.22-2.26	13.2	0.759	510	1.404	1	100
2.26-2.31	13.7	0.577	520	1.312	1	100
2.31-2.37	14	0.479	502	1.318	1	100
2.37-2.42	14	0.444	535	1.288	1	100
2.42-2.49	14.1	0.381	500	1.421	1	100
2.49-2.56	14	0.284	539	1.405	1	100
2.56-2.65	14.2	0.269	503	1.421	1	100
2.65-2.74	14	0.203	524	1.556	1	100
2.74-2.85	14.2	0.153	524	1.525	1	100
2.85-2.98	13.9	0.124	525	1.539	1	100
2.98-3.14	14	0.1	529	1.859	1	100
3.14-3.33	13.7	0.085	535	2.371	1	100
3.33-3.59	13.5	0.071	529	2.968	1	100
3.59-3.95	13.4	0.06	540	2.983	1	99.8
3.95-4.52	13.3	0.048	549	2.698	1	99.5
4.52-5.7	12.9	0.042	570	2.21	1	100
5.7-50	11.4	0.036	641	1.902	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0027	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3QBY

3qby

解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / WR_factor R_free: 0.228 / WR_factor R_work: 0.198 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.875 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. the program COOT and the molprobity server were also used. CAVEAT: the C-terminal direction of the protein main ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2318	497	4.742 %	RANDOM
R_work	0.1999	-	-	-
obs	0.201	10481	99.971 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.07 Å² / B_iso mean: 46.012 Å² / B_iso min: 27.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.119 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	752	0	26	30	808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	797
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.971	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.801	3	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.521	5	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.061	23.784	37
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.557	15	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.306	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	191

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.154	0.267	27	0.31	706	734	99.864
2.154-2.213	0.388	36	0.261	691	728	99.863
2.213-2.277	0.253	39	0.239	674	713	100
2.277-2.347	0.282	35	0.214	656	691	100
2.347-2.424	0.279	37	0.2	649	686	100
2.424-2.508	0.31	25	0.201	623	648	100
2.508-2.603	0.195	34	0.211	593	627	100
2.603-2.709	0.238	36	0.202	600	636	100
2.709-2.828	0.245	42	0.193	518	560	100
2.828-2.966	0.257	29	0.209	539	568	100
2.966-3.125	0.211	20	0.209	515	535	100
3.125-3.314	0.24	18	0.212	505	523	100
3.314-3.541	0.291	11	0.188	473	484	100
3.541-3.822	0.2	19	0.171	439	458	100
3.822-4.183	0.18	19	0.166	400	420	99.762
4.183-4.67	0.15	22	0.139	373	395	100
4.67-5.38	0.205	19	0.179	325	344	100
5.38-6.56	0.301	16	0.236	296	312	100
6.56-9.155	0.209	9	0.218	237	246	100
9.155-40	0.428	4	0.313	160	164	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.1569 Å / Origin y: 5.8533 Å / Origin z: 52.1674 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2711 Å²	0.0004 Å²	-0.0854 Å²	-	0.0044 Å²	-0.0074 Å²	-	-	0.1459 Å²
L	3.1642 °²	0.8377 °²	1.5709 °²	-	5.6695 °²	3.7399 °²	-	-	7.432 °²
S	-0.0651 Å °	0.0061 Å °	0.093 Å °	0.3604 Å °	-0.1062 Å °	0.026 Å °	-0.18 Å °	-0.1098 Å °	0.1713 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-5 - 91
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 330

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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