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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fml | ||||||
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タイトル | Catalytic domain of VahC from Aeromonas hydrophila | ||||||
![]() | VsdC | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ravulapalli, R. / Kimber, M.S. / Merrill, A.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of an actin-targeting ADP-ribosyltransferase from Aeromonas hydrophila. 著者: Shniffer, A. / Visschedyk, D.D. / Ravulapalli, R. / Suarez, G. / Turgeon, Z.J. / Petrie, A.A. / Chopra, A.K. / Merrill, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 338.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 285.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24741.781 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 67-266 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: VahC, vsdC / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 % |
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結晶化![]() | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1M Hepes, 5% glycerol, 2 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月21日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator (ACCEL DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.93→45.55 Å / Num. all: 57036 / Num. obs: 57036 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 31.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 3.67 / Rsym value: 1.2 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→45.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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