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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fij | ||||||
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タイトル | Catalytic domain of human PAK4 | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase PAK 4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Serine/Threonine-protein kinase PAK4 / Kinase domain (キナーゼ) / Protein kinase (プロテインキナーゼ) / ATP binding (アデノシン三リン酸) / Phosphorylation (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOH GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle ...dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOH GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / cellular response to organic cyclic compound / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / regulation of cell growth / 接着結合 / positive regulation of angiogenesis / 遊走 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / 細胞周期 / リン酸化 / focal adhesion / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / ゴルジ体 / シグナル伝達 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ha, B.H. / Boggon, T.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Type II p21-activated kinases (PAKs) are regulated by an autoinhibitory pseudosubstrate. 著者: Ha, B.H. / Davis, M.J. / Chen, C. / Lou, H.J. / Gao, J. / Zhang, R. / Krauthammer, M. / Halaban, R. / Schlessinger, J. / Turk, B.E. / Boggon, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fij.cif.gz | 130.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fij.ent.gz | 100.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fij.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/4fij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/4fij | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39123.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA1142, PAK4 / プラスミド: Modified pET vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RILP 参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SEQUENCE CORRESPONDS TO ISOFORM 2 OF SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PAK 4, UNP ACCESSION CODE ...SEQUENCE CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 1.5M Na acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月30日 / 詳細: insertion device |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.347 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CDZ 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 19.046 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.164 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.8944 Å / Origin y: -10.2899 Å / Origin z: 6.7268 Å
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精密化 TLSグループ |
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