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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4feq | ||||||
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タイトル | Inhibitor bound structure of the kinase domain of the murine receptor tyrosine kinase TYRO3 (Sky) | ||||||
要素 | Tyrosine-protein kinase receptor TYRO3 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Protein kinase domain / Receptor Tyrosine Kinase (受容体型チロシンキナーゼ) / Gas6 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 forebrain cell migration / Th2細胞 / negative regulation of lymphocyte activation / natural killer cell differentiation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / secretion by cell / positive regulation of viral life cycle / apoptotic cell clearance / 月経周期 / vagina development ...forebrain cell migration / Th2細胞 / negative regulation of lymphocyte activation / natural killer cell differentiation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / secretion by cell / positive regulation of viral life cycle / apoptotic cell clearance / 月経周期 / vagina development / neuropeptide signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase binding / 食作用 / negative regulation of innate immune response / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / establishment of localization in cell / neuron migration / 受容体型チロシンキナーゼ / 血小板 / 凝固・線溶系 / negative regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / 遊走 / virus receptor activity / 核膜 / nervous system development / 精子形成 / protein tyrosine kinase activity / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / receptor complex / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ohren, J.F. / Powell, N.A. / Kohrt, J.T. / Perrin, L.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013 タイトル: Highly selective 2,4-diaminopyrimidine-5-carboxamide inhibitors of Sky kinase. 著者: Powell, N.A. / Hoffman, J.K. / Ciske, F.L. / Kaufman, M.D. / Kohrt, J.T. / Quin, J. / Sheehan, D.J. / Delaney, A. / Baxi, S.M. / Catana, C. / McConnell, P. / Ohren, J. / Perrin, L.A. / Edmunds, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4feq.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4feq.ent.gz | 43.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4feq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/4feq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/4feq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36771.449 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain (UNP residues 485-800) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tyro3, Dtk, Rse 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P55144, 受容体型チロシンキナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-0T8 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 17% PEG 3350, 0.1M magnesium nitrate, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月25日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 16496 / Num. obs: 15143 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 3.5 / Observed criterion σ(I): 3.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 6.646 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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