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Yorodumi- PDB-3vps: Structure of a novel NAD dependent-NDP-hexosamine 5,6-dehydratase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vps | ||||||
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Title | Structure of a novel NAD dependent-NDP-hexosamine 5,6-dehydratase, TunA, involved in tunicamycin biosynthesis | ||||||
Components | NAD-dependent epimerase/dehydratase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / tunicamycins / biosynthesis / exo-glycal / dehydratase / Rossmann Fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces chartreusis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Wyszynski, F.J. / Lee, S.S. / Yabe, T. / Wang, H. / Gomez-Escribano, J.P. / Bibb, M.J. / Lee, S.J. / Davies, G.J. / Davis, B.G. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Biosynthesis of nucleoside antibiotic tunicamycin proceeds via unique exo-glycal intermediates Authors: Wyszynski, F.J. / Lee, S.S. / Yabe, T. / Wang, H. / Gomez-Escribano, J.P. / Bibb, M.J. / Lee, S.J. / Davies, G.J. / Davis, B.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vps.cif.gz | 260.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vps.ent.gz | 210.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vps.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/3vps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/3vps | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35182.824 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Streptomyces chartreusis (bacteria) / Strain: NLLR 3882 References: UniProt: E5KJ94, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Hydro-lyases #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 20% polyethylene glycol 3350, 100mM 8v/v tascimate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→22.26 Å / Num. all: 42667 / Num. obs: 42667 / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.18782 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.55 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→22.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 8.434 / SU ML: 0.112 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.156 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.811 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→22.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | T13: 0.0088 Å2 / Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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