PDB-4f5u: Crystal structure of Equine Serum Albumin at 2.04 resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f5u

タイトル

Crystal structure of Equine Serum Albumin at 2.04 resolution

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Equine serum albumin / helical protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Bujacz, A. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structures of bovine, equine and leporine serum albumin.
著者: Bujacz, A.

履歴

登録	2012年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f5u.cif.gz	251.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f5u.ent.gz	204.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f5u_validation.pdf.gz	478.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f5u_full_validation.pdf.gz	516.3 KB	表示
XML形式データ	4f5u_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	4f5u_validation.cif.gz	45.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f5sC 4f5tSC 4f5vC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a7p-2 2xvu-1 4s1y-d 4j2v-d 4emx-2 3v03-1 2vuf-1 4ot2-d 2px0-2 5x52-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (10) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (10)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

66.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.254, 89.254, 134.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 65854.203 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-607 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 80% Tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.932 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月21日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator Si-111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 38668 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4F5T

4f5t

解像度: 2.04→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 11.617 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24294	1211	3.1 %	RANDOM
R_work	0.19612	-	-	-
obs	0.19756	37399	99.84 %	-
all	-	38668	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.582 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.99 Å²	0.99 Å²	0 Å²
2-	-	1.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4609	0	59	345	5013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	4833
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.966	1.991	6538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.225	5	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.897	25	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.735	15	879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.427	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.825	1.5	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.445	2	4767
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.557	3	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.946	4.5	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	87	-
R_work	0.33	2732	-
obs	-	-	98.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7128	0.4847	0.0558	2.8261	0.7532	1.2141	0.1136	0.1162	0.081	0.1231	0.023	0.2861	0.0048	-0.2314	-0.1365	0.1882	0.0868	-0.0288	0.1181	0.0112	0.1958	-15.0501	53.9179	68.1691
2	1.9471	0.0291	-0.649	4.9162	-0.4839	0.5932	0.1185	0.3562	0.2362	-0.6181	-0.1101	-0.1338	-0.1107	-0.0467	-0.0084	0.3284	0.117	-0.0348	0.2082	0.001	0.1821	0.114	54.2591	54.8582
3	1.2332	0.2424	-0.0364	4.2911	-1.7726	0.9861	0.1829	0.2597	0.1303	-0.2551	-0.2971	-0.4159	-0.1858	0.2576	0.1143	0.4742	-0.01	0.0725	0.2358	0.0131	0.2599	8.5286	53.9867	60.8865
4	1.5765	-1.2426	-0.0989	3.1783	1.2593	2.2516	-0.108	-0.0887	-0.032	0.1908	-0.0162	0.3525	-0.0443	-0.0288	0.1242	0.0756	0.0101	0.0115	0.0439	-0.0379	0.0729	3.3589	42.4483	80.4591
5	3.5863	-1.7671	0.3588	3.1675	0.0656	3.0128	0.1066	-0.0764	0.2755	-0.0815	-0.0372	-0.2432	-0.47	0.184	-0.0694	0.2105	-0.0474	0.0181	0.0436	-0.059	0.1365	9.4661	54.915	80.3783
6	1.4341	1.4987	0.4872	7.9697	-0.5669	2.7238	-0.0423	-0.2488	-0.1795	0.7194	-0.0489	0.0481	0.0834	0.0718	0.0911	0.1969	0.0649	0.0304	0.2384	-0.0258	0.1438	13.3956	32.4829	92.9386
7	2.6709	1.3491	0.0306	2.13	-2.2052	7.2534	0.083	-0.2131	-0.3032	0.1096	0.0243	0.1636	0.5016	-0.3162	-0.1073	0.1658	0.046	0.0428	0.1244	-0.0134	0.1868	12.226	25.5794	85.6224
8	2.3121	2.7094	-5.2683	3.6303	-8.7229	26.4313	-0.2011	-0.1182	-0.3995	-0.1782	-0.2499	-0.3729	0.2845	0.774	0.451	0.195	0.1472	0.0691	0.2231	0.0336	0.3422	21.1338	26.365	74.2207
9	6.4997	0.6246	-0.859	1.8114	0.5339	2.118	-0.1158	0.0825	0.0046	-0.0641	0.0816	-0.005	0.0867	0.2842	0.0343	0.0515	0.0491	0.0053	0.0982	-0.0138	0.0285	13.1252	28.2978	54.6325
10	2.0914	0.2555	1.3715	1.1062	1.1577	3.5255	0.0247	0.0493	0.0349	-0.0411	-0.0153	-0.0679	-0.1315	0.2329	-0.0094	0.0635	0.0104	0.0091	0.054	-0.0226	0.0785	10.5684	35.2334	62.3075
11	2.6603	1.1551	0.4483	5.802	1.5988	5.13	-0.1421	-0.0065	-0.2239	0.2419	0.1113	0.1682	0.7509	0.0592	0.0307	0.1433	0.0398	0.0389	0.0757	-0.0069	0.1068	5.2114	22.3397	64.3905
12	2.7969	1.1241	-0.1531	3.3264	-2.6126	4.8181	-0.0023	0.3455	0.0666	0.1578	0.0237	0.0884	0.0219	-0.0809	-0.0214	0.0789	0.0661	0.0133	0.1932	-0.0287	0.0936	9.4248	30.5077	42.2878
13	1.5977	0.0287	0.8246	2.8404	-1.4545	3.3265	0.0628	0.3896	0.0721	-0.0502	-0.0841	-0.0285	0.0798	0.4018	0.0213	0.0402	0.0783	0.0232	0.262	-0.0205	0.1034	17.1041	28.3707	36.691

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	367 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	399 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	418 - 468
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	469 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	498 - 537
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	538 - 583

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)