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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f0t | ||||||
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タイトル | X-Ray Crystal Structure of Phycocyanin from Synechocystis sp. PCC 6803 | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / Component of the phycobilisome / photosynthetic antenna complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Marx, A. / Adir, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013 タイトル: Allophycocyanin and phycocyanin crystal structures reveal facets of phycobilisome assembly. 著者: Marx, A. / Adir, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4f0t.cif.gz | 78 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4f0t.ent.gz | 63.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4f0t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/4f0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/4f0t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17602.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q54715 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 18156.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q54714 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 6% PEG 4000; 400mM MgSO4; 20mM Tris pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→40 Å / Num. all: 25948 / Num. obs: 25948 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 25.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 3757 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 0.003 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.36 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→40 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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