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- PDB-4esq: Crystal structure of the extracellular domain of PknH from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4esq
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of PknH from Mycobacterium tuberculosis
要素Serine/threonine protein kinaseSerine/threonine-specific protein kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Receptor Kinase / Membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of growth / negative regulation of catalytic activity / response to host immune response / 細胞壁 / positive regulation of catalytic activity / plasma membrane => GO:0005886 / positive regulation of DNA binding / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 ...regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of growth / negative regulation of catalytic activity / response to host immune response / 細胞壁 / positive regulation of catalytic activity / plasma membrane => GO:0005886 / positive regulation of DNA binding / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PknH-like extracellular domain / PknH-like extracellular domain / PknH-like extracellular domain superfamily / PknH-like extracellular domain / Protein Transport Mog1p; Chain A / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...PknH-like extracellular domain / PknH-like extracellular domain / PknH-like extracellular domain superfamily / PknH-like extracellular domain / Protein Transport Mog1p; Chain A / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TERBIUM(III) ION / Non-specific serine/threonine protein kinase / Serine/threonine-protein kinase PknH
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cavazos, A. / Prigozhin, D.M. / Alber, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of the sensor domain of Mycobacterium tuberculosis PknH receptor kinase reveals a conserved binding cleft.
著者: Cavazos, A. / Prigozhin, D.M. / Alber, T.
履歴
登録2012年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1894
ポリマ－20,6621
非ポリマー5273
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.455, 35.923, 49.308
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine protein kinase / Serine/threonine-specific protein kinase


分子量: 20661.994 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 83332-83523 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: pknH, Rv1266c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CodonPlus / 参照: UniProt: A5U1W4, UniProt: P9WI71*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス / Bis-tris methane


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG 3350, 50mM terbium nitrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月27日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 17.44 / 数: 69365 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.01 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18089 / % possible obs: 98.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.665099.710.040.983.8
2.913.6699.910.0550.963.8
2.542.9199.710.0611.0813.9
2.312.5499.610.0681.0263.9
2.142.3199.110.0731.0773.9
2.022.1498.910.0861.0643.9
1.912.0298.210.1081.013.9
1.831.9197.710.1481.0053.8
1.761.8397.510.1981.0173.8
1.71.7698.110.2530.9273.8
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 34200 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.763.80.25317600.927198.1
1.76-1.833.80.19817681.017197.5
1.83-1.913.80.14817861.005197.7
1.91-2.023.90.10817601.01198.2
2.02-2.143.90.08618171.064198.9
2.14-2.313.90.07317801.077199.1
2.31-2.543.90.06818411.026199.6
2.54-2.913.90.06118271.081199.7
2.91-3.663.80.05518530.96199.9
3.66-503.80.0418970.98199.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.69 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.51 / 反射: 8491 / Reflection acentric: 7763 / Reflection centric: 728
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
3.9-6.30.850.880.6711471008139
3.1-3.90.830.850.6514391310129
2.8-3.10.720.740.4814241314110
2.4-2.80.60.620.3425172354163
2.2-2.40.510.520.251568147197

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.15位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→48.784 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1974 878 4.92 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.1647 34190 96.67 %-
all-34190 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.934 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 55.6 Å2 / Biso mean: 18.0416 Å2 / Biso min: 7.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7031 Å2-0 Å2-2.6978 Å2
2---0.8074 Å20 Å2
3---2.5105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.784 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1448 0 16 221 1685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.962084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.747556
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7005-1.75050.23681370.22612595273294
1.7505-1.8070.26811470.19852635278294
1.807-1.87160.21651220.18422686280896
1.8716-1.94650.21691480.16352663281196
1.9465-2.03510.21321440.15312710285496
2.0351-2.14240.1731410.15122707284896
2.1424-2.27670.21731450.15232735288097
2.2767-2.45240.19671330.17032720285398
2.4524-2.69920.22811420.17812756289898
2.6992-3.08970.18991440.17392755289998
3.0897-3.89250.17211330.15382775290898
3.8925-48.80420.17871470.14612770291799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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